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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003003

染色体: Chr06 坐标: 42900681-42902063 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003003
名称SmilChr06G003003
描述uncharacterized SmilChr06G003003
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42900681 - 42902063 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989736
GeneID130989736
locus_tag-
NCBI NameLOC130989736
原始查询SmilChr06G003003

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0008083 (growth factor activity); GO:0010082 (regulation of root meristem growth)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989736

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057769801.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769801.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769801.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769801.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769801.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42901203 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 53 A1,A13,A24,A8,A9,B117,B121,B122,B123,B127,B128,B133,B137,B20,B21,B29,B33,B35,B53,B54,B59,B6,B74,B76,B77,B80,B85,B87,B88,B9,B94,B98,C11,C26,C35,C41,C42,C50,C52,C58,C64,C66,C67,C69,C7,C76,C78,C83,C84,C85,C9,D2,D8
Chr6:42901208 C CGT 2bp_insertion frameshift_variant 43 A13,A24,A8,B122,B123,B128,B133,B137,B20,B29,B33,B35,B53,B59,B6,B74,B76,B77,B80,B87,B88,B9,B98,C11,C26,C35,C41,C50,C52,C58,C64,C66,C67,C69,C7,C76,C78,C83,C84,C85,C9,D2,D8
Chr6:42901731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C44,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913818.1
AGTATCTTTGGGCAATGCAACTATACTCACTATTCAAAATTTGCATCTGTTTTGATATGGTTTCTTCAGTACATTTTCTGATTATTAAATGTCATTATTTAATCTTTTGAGTTTTCCTAAGTCCTGTTTGTAGCCAGAACATAGATTAAAATATTTGAATGTAACCAGCTAGTTGTCGGAATCCTTAACTTTGACTCCGGTTTGAACTCTATAAAACCCCACATTGCAGTTTCTGGGCTTCTCTGTTCACTGCTAGTTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989736
ATGGGATGTTATTCAGGATTAGTATTGAGTGCTATGATCATTTTGCTTGCACTTGAGCACTCTAGTGCAGTGTGTGATCAAGGAAATCTTGAAACAGAATCACAGAAACACGTGCTTCTTCAAAGTGATGTCAAGTTTCTTTTGGGGAGAAAAATGCTGCAAGAATTGGATGGGAAACCAGTTTATATGCCAGGTCTTGAAAAGTCTTTCCCAGAAGTTCAAACAGAAAATAATCATGCCCAGGCTCAGCTGCAGCATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769801.1
MGCYSGLVLSAMIILLALEHSSAVCDQGNLETESQKHVLLQSDVKFLLGRKMLQELDGKPVYMPGLEKSFPEVQTENNHAQAQLQHSQKSTLNDESKALLEAADEVANLMRKDYRGMARRKPPINNHVPKG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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