当前解析结果
SmilChr06G003014| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003014 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003014 |
| 描述 | glutathione transferase GST 23-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 43001484 - 43002626 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989746 |
|---|---|
| GeneID | 130989746 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989746 |
| 原始查询 | SmilChr06G003014 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione transferase GST 23-like |
| 产物 | glutathione transferase GST 23-like |
| Arabidopsis | AT3G09270 (GSTU8)glutathione S-transferase TAU 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820083] identity=44.4; qcov=0.991; evalue=8.32e-55; confidence=medium |
| Rice | Os05g0412800 (OsGSTU16)- identity=41.7; qcov=0.969; evalue=3.75e-55; confidence=medium |
| GO | GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process) |
| KEGG | smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989746 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057769814.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057769814.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769814.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769814.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769814.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:43001679 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B21,C11,C17,C69 |
Chr6:43001744 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B27,B38,B39,B44,C55 |
Chr6:43001745 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B101,B79,C48 |
Chr6:43001868 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,D10 |
Chr6:43001928 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr6:43002088 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr6:43002145 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr6:43002172 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A19 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769814.1PF02798
GST_N 8-79 aa
PF13417
GST_N_3 10-83 aa
PF13409
GST_N_2 15-80 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769814.1 |
Pfam | PF02798 |
GST_N | Domain | 8 | 79 | 5.2e-18 | 65.9 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057769814.1 |
Pfam | PF13417 |
GST_N_3 | Domain | 10 | 83 | 1.8e-17 | 64.2 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057769814.1 |
Pfam | PF13409 |
GST_N_2 | Domain | 15 | 80 | 7.1e-17 | 62.5 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。