Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003040`

染色体: Chr06 坐标: 43258642-43259893 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003040`
名称	SmilChr06G003040
描述	uncharacterized SmilChr06G003040
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	43258642 - 43259893 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990999`
GeneID	`130990999`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990999`
原始查询	`SmilChr06G003040`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G27260` (AT5G27260) Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784] identity=22.8; qcov=0.997; evalue=1.39e-09; confidence=weak
Rice	`Os04g0590366` - identity=32.5; qcov=0.502; evalue=4.84e-21; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990999

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057771188.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771188.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771188.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057771188.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057771188.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:43258982`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr6:43259010`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B102,C44,D11
`Chr6:43259010`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B102,C44,D11
`Chr6:43259015`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B25,B98,C41,C60
`Chr6:43259023`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr6:43259036`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B98,C41,C60
`Chr6:43259041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B85,B86
`Chr6:43259078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B31,B86,C5
`Chr6:43259138`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B82
`Chr6:43259138`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr6:43259157`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr6:43259172`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A24,B60,B68,C42,C60,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915205.1
ATGAATTCGGAGCAACAAGAGAGCAGTGAGGCGGTCTCTGCCCGTGTCAACAAAACAGATAAGACTCGCCGGACTTGGGCTATCAAAGAAGAGGAGACTCTCCTTAGCTCGTTGAAGGAATTAGTTGCTCAAGGCTGGAAGTCAGATAACGGCTTCAGAGGAGGTTATCTTCATAAGCTCGAGGAAGCGATGAGGCGCGTGTACCCAGGCACAGACTTGAAAGGAGTTCCACACATCAATTCAAAGTTATCTGCCTGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990999
ATGAATTCGGAGCAACAAGAGAGCAGTGAGGCGGTCTCTGCCCGTGTCAACAAAACAGATAAGACTCGCCGGACTTGGGCTATCAAAGAAGAGGAGACTCTCCTTAGCTCGTTGAAGGAATTAGTTGCTCAAGGCTGGAAGTCAGATAACGGCTTCAGAGGAGGTTATCTTCATAAGCTCGAGGAAGCGATGAGGCGCGTGTACCCAGGCACAGACTTGAAAGGAGTTCCACACATCAATTCAAAGTTATCTGCCTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771188.1
MNSEQQESSEAVSARVNKTDKTRRTWAIKEEETLLSSLKELVAQGWKSDNGFRGGYLHKLEEAMRRVYPGTDLKGVPHINSKLSAWKKNYNSLLGILRVTGAGFNVHGNHMVDVTDEQWADIMKKDVNARGMRYKSWPMLDAWKEVFGKDRATGDNAEDLMDAVTDMYRSGNAAQNTPAGSYHVNVEDVLENDVVEESASQCIRSEGTTSGAKKKRKQRDESASLMEFMGEISRNTAQRLEMLANRTGYEFDLAQARKAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器