当前解析结果
SmilChr06G003041| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003041 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003041 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G003041 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 43261512 - 43264445 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989772 |
|---|---|
| GeneID | 130989772 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989772 |
| 原始查询 | SmilChr06G003041 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G41980 (AT5G41980)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=33.1; qcov=0.884; evalue=1.36e-61; confidence=low |
| Rice | Os08g0106900- identity=40.7; qcov=0.963; evalue=6.02e-85; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989772 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057769856.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057769856.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057769856.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769856.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057769856.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:43262349 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr6:43262408 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B114,B98,C41,C60,C84 |
Chr6:43262615 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 10 | B103,B139,B19,B71,B76,B90,C26,C64,C66,C7 |
Chr6:43262666 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C21 |
Chr6:43262686 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B73,C28,C38 |
Chr6:43262810 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B30,B82,C15,D7 |
Chr6:43262811 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B115,B23 |
Chr6:43262812 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B25,C4,C41,C60,C84 |
Chr6:43262819 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B59,B6,C67 |
Chr6:43262841 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B59,B76,C37 |
Chr6:43263005 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,B91 |
Chr6:43263006 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769856.1PF26138
DUF8040 72-152 aa
PF04827
Plant_tran 175-347 aa
PF01609
DDE_Tnp_1 177-344 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 184-345 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769856.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 72 | 152 | 2e-22 | 79.6 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057769856.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 175 | 347 | 5.5e-06 | 26.9 | Plant transposon protein |
XP_057769856.1 |
Pfam | PF01609 |
DDE_Tnp_1 | Domain | 177 | 344 | 3.5e-12 | 47.2 | Transposase DDE domain |
XP_057769856.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 184 | 345 | 5.3e-24 | 85.4 | DDE superfamily endonuclease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。