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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003060

染色体: Chr06 坐标: 43487282-43490196 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003060
名称SmilChr06G003060
描述mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向43487282 - 43490196 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989786
GeneID130989786
locus_tag-
NCBI NameLOC130989786
原始查询SmilChr06G003060

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
产物mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
ArabidopsisAT2G22370 (AT2G22370)
mediator of RNA polymerase II transcription subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816769]
identity=83.4; qcov=1; evalue=2.53e-132; confidence=high
RiceOs02g0193900 (P0437H03.127)
-
identity=74.4; qcov=0.972; evalue=4.8e-119; confidence=high
GOGO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0006369 (termination of RNA polymerase II transcription); GO:0016592 (mediator complex); GO:0070847 (core mediator complex)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989786

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057769868.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057769868.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057769868.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769868.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769868.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:43487654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr6:43487718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr6:43487738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr6:43488269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr6:43488272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:43488301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr6:43488402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C59
Chr6:43488403 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 5 A13,A23,B21,C32,D7
Chr6:43488403 AG A 1bp_deletion CDS_variant 5 A13,A23,B21,C32,D7
Chr6:43488585 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B136
Chr6:43488585 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B136
Chr6:43488612 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B3,B52,B95,C30,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913886.1
CAAGAGTGAATTCAAGAAAAGAACTTTTATCGATTGATAATCAAAATTTCCCAAATTGAACTGAACCCTTCCGAGTTCCCAGCCCACCGACTTGTTGCAAATCCACTCATCCTCCACCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTCCACATCTTCGTTTTTTTGCTGGTCGATATCTTCACTGCTCGTTGCACCGCGCTTCAGCTCCAGCCCAGATTCTAATTAGAGAGAATTTGGGGATCAAGATGGAGTGCGTGGTTCAG...
XM_057913885.1
CAAGAGTGAATTCAAGAAAAGAACTTTTATCGATTGATAATCAAAATTTCCCAAATTGAACTGAACCCTTCCGAGTTCCCAGCCCACCGACTTGTTGCAAATCCACTCATCCTCCACCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTCCACATCTTCGTTTTTTTGCTGGTCGATATCTTCACTGCTCGTTGCACCGCGCTTCAGCTCCAGCCCAGATTCTAATTAGAGAGAATTTGGGGATCAAGATGGAGTGCGTGGTTCAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130989786
ATGGAGTGCGTGGTTCAGGGAATTATAGAGACTAAGCACGTTGAAGCCCTGGAGATTCTTCTTCAAGGACTTTGTGGCGTTCATAGAGAGAGTTTGACGGTTCACGAATTGTGTTTGAAAAGTGTACCCAATCTTGGATTGGTATCATCAGAAGTCCGACTTTTATGTGACCTCGAGCAGCCTGAACCCACATGGACTGTCCGACACATTGGTGGTGCTATGAGGGGTGCTGGCGCTGAGCAAATTTCGGTGCTTGTAAG...
LOC130989786
ATGGAGTGCGTGGTTCAGGGAATTATAGAGACTAAGCACGTTGAAGCCCTGGAGATTCTTCTTCAAGGACTTTGTGGCGTTCATAGAGAGAGTTTGACGGTTCACGAATTGTGTTTGAAAAGTGTACCCAATCTTGGATTGGTATCATCAGAAGTCCGACTTTTATGTGACCTCGAGCAGCCTGAACCCACATGGACTGTCCGACACATTGGTGGTGCTATGAGGGGTGCTGGCGCTGAGCAAATTTCGGTGCTTGTAAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057769868.1
MECVVQGIIETKHVEALEILLQGLCGVHRESLTVHELCLKSVPNLGLVSSEVRLLCDLEQPEPTWTVRHIGGAMRGAGAEQISVLVRTMAESKVSKNALRLFYALGYKLDHELLRVGFSFQFQRGTQITVTVSSVNKMLKLHATDDAVPVTPGIQLVEVTAPASSENYTEVVGAVSSFCEFLAPLLHLSKPGVSTGVVPTAAAAAASLMSDGGGTTL
XP_057769869.1
MECVVQGIIETKHVEALEILLQGLCGVHRESLTVHELCLKSVPNLGLVSSEVRLLCDLEQPEPTWTVRHIGGAMRGAGAEQISVLVRTMAESKVSKNALRLFYALGYKLDHELLRVGFSFQFQRGTQITVTVSSVNKMLKLHATDDAVPVTPGIQLVEVTAPASSENYTEVVGAVSSFCEFLAPLLHLSKPGVSTGVVPTAAAAAASLMSDGGGTTL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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