Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003062`

染色体: Chr06 坐标: 43527003-43529291 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003062`
名称	SmilChr06G003062
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02490, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	43527003 - 43529291 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989789`
GeneID	`130989789`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989789`
原始查询	`SmilChr06G003062`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02490, mitochondrial-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02490%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT3G02490` (AT3G02490) Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820563] identity=43.6; qcov=1.03; evalue=3.53e-170; confidence=medium
Rice	`Os01g0970900` - identity=32.1; qcov=0.83; evalue=9.13e-85; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0008380 (RNA splicing)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989789

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057769873.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769873.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769873.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769873.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769873.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:43527172`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,D7
`Chr6:43527350`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B127,C52
`Chr6:43527547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:43527634`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr6:43527642`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:43527841`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:43527859`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:43528034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr6:43528113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B132,B14,B82,C46
`Chr6:43528124`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr6:43528307`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:43528513`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,B111,C65,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769873.1

653 aa

326

653

PPR

PF01535 PPR 139-167 aa PF01535 PPR 285-313 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769873.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	139	167	1.1e-15	57.4	PPR repeat
`XP_057769873.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	285	313	1.1e-15	57.4	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913890.1
CTTCAATTAAAACACCCTCAGTCAGTCCTTACCCCTCTCTCTCTCTCTTCTCCCCCAAAAACCCTAATCTGAACAAGTATCAAAAGCCCCCCAACTGTATCTCCCTCTCCCTTCTCTTCGAAGATACAACAGCTCGAGATCAAATCCCTGTTCGAATCCGATACTATGAGAAATCAATGCCTCCGCCTTCTTCTCCTCCGCTGCCACTCTCCATCTCAGCCTCGCATTTCTCAGGTACACCATCTTCGCTCCTTCACTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989789
ATGAGAAATCAATGCCTCCGCCTTCTTCTCCTCCGCTGCCACTCTCCATCTCAGCCTCGCATTTCTCAGGTACACCATCTTCGCTCCTTCACTTCCTCGCTCCTCCACGCACCTGCACGTGCACCTCTCGCGATCCCGATTCCCTTCGCACTCCGTCGTCGTTTCACGTCATCCCCGGAGTTCGCCGTCGCGCCTCCCAAGCCACCGTCCGATCAAGCTACTCTCTTAGCGGAAATCTTCGCTAAACCTGAAATGTCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769873.1
MRNQCLRLLLLRCHSPSQPRISQVHHLRSFTSSLLHAPARAPLAIPIPFALRRRFTSSPEFAVAPPKPPSDQATLLAEIFAKPEMSVDEIKSDLDDKNVIMSHDLILNVLKNPDIDPDVAKRIFNWVSGSQSEILSSNSYNLMIGILGANGLVKETWELIDIMKKKGYGVKKGAFLRISERFMKDGASDEVEKLKDLYATGSASRKDNDVAGGDSGGSDCVRVCEIIGKQVWGDDVEKQLKELNVEFSSDLVTRVLGTLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器