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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003071

染色体: Chr06 坐标: 43598660-43602255 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003071
名称SmilChr06G003071
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g38730
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向43598660 - 43602255 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989799
GeneID130989799
locus_tag-
NCBI NameLOC130989799
原始查询SmilChr06G003071

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g38730
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g38730
ArabidopsisAT5G38730 (AT5G38730)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833864]
identity=55.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0827900 (OsSigP1)
-
identity=49.8; qcov=0.793; evalue=6.68e-169; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989799

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057769878.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769878.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769878.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769878.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769878.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:43599967 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr6:43600217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B111,B21,C16,C33
Chr6:43600413 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr6:43600437 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B59,B74,C26,C45
Chr6:43600444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B59,B74,C26,C45
Chr6:43600743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr6:43600745 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr6:43600990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B129,C16,D1
Chr6:43601002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B98,C53,C60
Chr6:43601073 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:43601413 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B74,C26,C45
Chr6:43601436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769878.1
588 aa
N
1
294
588
TPR_24
PPR_long
PPR_long
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR
PPR
C
PF23276 TPR_24 127-220 aa PF17177 PPR_long 142-246 aa PF17177 PPR_long 144-282 aa PF13812 PPR_3 149-208 aa PF13041 PPR_2 160-209 aa PF01535 PPR 165-193 aa PF12854 PPR_1 192-224 aa PF13041 PPR_2 195-239 aa PF01535 PPR 199-228 aa PF13812 PPR_3 219-277 aa PF12854 PPR_1 227-259 aa PF13041 PPR_2 230-278 aa PF01535 PPR 233-263 aa PF12854 PPR_1 262-292 aa PF13041 PPR_2 265-312 aa PF01535 PPR 268-294 aa PF23276 TPR_24 286-391 aa PF13812 PPR_3 293-343 aa PF12854 PPR_1 294-327 aa PF13041 PPR_2 298-346 aa PF01535 PPR 301-331 aa PF12854 PPR_1 329-361 aa PF13041 PPR_2 333-372 aa PF01535 PPR 336-365 aa PF13812 PPR_3 356-408 aa PF12854 PPR_1 366-396 aa PF13041 PPR_2 369-417 aa PF01535 PPR 371-401 aa PF13812 PPR_3 398-453 aa PF12854 PPR_1 400-431 aa PF01535 PPR 406-436 aa PF13041 PPR_2 406-452 aa PF01535 PPR 477-506 aa PF01535 PPR 511-539 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769878.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 127 220 3.9e-34 118.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057769878.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 142 246 1.1e-34 120.4 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057769878.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 144 282 1.1e-34 120.4 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057769878.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 149 208 3.5e-57 191.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769878.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 160 209 4e-118 386.1 PPR repeat family
XP_057769878.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 165 193 1.5e-77 251.3 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 192 224 1.6e-86 284.4 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 195 239 4e-118 386.1 PPR repeat family
XP_057769878.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 199 228 1.5e-77 251.3 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 219 277 3.5e-57 191.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769878.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 227 259 1.6e-86 284.4 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 230 278 4e-118 386.1 PPR repeat family
XP_057769878.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 233 263 1.5e-77 251.3 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 262 292 1.6e-86 284.4 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 265 312 4e-118 386.1 PPR repeat family
XP_057769878.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 268 294 1.5e-77 251.3 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 286 391 3.9e-34 118.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057769878.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 293 343 3.5e-57 191.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769878.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 294 327 1.6e-86 284.4 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 298 346 4e-118 386.1 PPR repeat family
XP_057769878.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 301 331 1.5e-77 251.3 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 329 361 1.6e-86 284.4 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 333 372 4e-118 386.1 PPR repeat family
XP_057769878.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 336 365 1.5e-77 251.3 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 356 408 3.5e-57 191.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769878.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 366 396 1.6e-86 284.4 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 369 417 4e-118 386.1 PPR repeat family
XP_057769878.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 371 401 1.5e-77 251.3 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 398 453 3.5e-57 191.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769878.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 400 431 1.6e-86 284.4 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 406 436 1.5e-77 251.3 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 406 452 4e-118 386.1 PPR repeat family
XP_057769878.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 477 506 1.5e-77 251.3 PPR repeat
XP_057769878.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 511 539 1.5e-77 251.3 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090756.1
GATTACATAGTCAGAAATGTTAAATCTAAACTCCGCTCGTTATTATTCTTGGCGGCTATTTTCTTCTTCGCTATTTCTGCCCTGCCGCTGCTAGACCTTCATCTTCTTCACTCAACCAGAAGCTGGCTTCTTCTTCAACATATGGTTGGAGCCGTGAGACTGAGGAAAGAAGCCAGTCGAATTCCTCACACTATACTCTCACAGTAATTTTATCAAACACATTGAAGACGTTCAGGCGAAACGTTTTGTGTTCTTGCCCC...
XR_009090755.1
GATTACATAGTCAGAAATGTTAAATCTAAACTCCGCTCGTTATTATTCTTGGCGGCTATTTTCTTCTTCGCTATTTCTGCCCTGCCGCTGCTAGACCTTCATCTTCTTCACTCAACCAGAAGCTGGCTTCTTCTTCAACATATGGTTGGAGCCGTGAGACTGAGGAAAGAAGCCAGTCGAATTCCTCACACTATACTCTCACAGTAATTTTATCAAACACATTGAAGACGTTCAGGCGAAACGTTTTGTGTTCTTGCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989799
ATGGAATGCTTAAATTTTGCAAGGAGTGAACGCCTACTAGTTAAAATCGTGTGTGGAATTGTAGTCAAGGGCTATTGGGATAAACTCTTGAAACCAAAGATTGGTTCAAGCGTGACATCATCTGTTATAAACCAAGTATTATCTGAATTTTCTGCAAACGGGTTCTTAATTTCATGGTCATTCTTCAAATGGGTCGAAACAATCCCACACTACAAGCATTCGTTGCAATCTTATTGGACTATGATTTGTACTCTCACGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769878.1
MECLNFARSERLLVKIVCGIVVKGYWDKLLKPKIGSSVTSSVINQVLSEFSANGFLISWSFFKWVETIPHYKHSLQSYWTMICTLTKQKHFRAAQDLVEKIARRDFLSSPTVLNALMNSYCDPDVNTHVLSWLVIFYANSKMIPEAVQVFEHMRVSGYKPNQHACTVILNSLVKEGLTNLVWKVHKKMVKVGVFPSLHVYNVLIHACCKSRDAEKAEELLSEMEANNISPDIFTYNTLIALYCKKGMHYEALSVQDRMER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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