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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003074

染色体: Chr06 坐标: 43633122-43634039 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003074
名称SmilChr06G003074
描述uncharacterized SmilChr06G003074
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向43633122 - 43634039 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991008
GeneID130991008
locus_tag-
NCBI NameLOC130991008
原始查询SmilChr06G003074

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os11g0282700; species=rice; confidence=low
产物hit=Os11g0282700; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G66235 (AT1G66235)
no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]
identity=22; qcov=0.433; evalue=8.38e-10; confidence=weak
RiceOs11g0282700
-
identity=28.2; qcov=0.639; evalue=5.23e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991008

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771195.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771195.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771195.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771195.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771195.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:43633128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,B97
Chr6:43633146 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 13 B120,B22,B32,B35,B51,B61,B67,B68,B90,B92,C43,C47,C75
Chr6:43633161 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B79
Chr6:43633161 C CCA 2bp_insertion CDS_variant 1 B79
Chr6:43633166 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B79
Chr6:43633166 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B79
Chr6:43633192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr6:43633205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C29,D6
Chr6:43633213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C29,D6
Chr6:43633230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,D11
Chr6:43633232 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 13 A23,B115,B20,B34,B50,B7,B87,C17,C34,C51,C84,C9,D9
Chr6:43633246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,B81,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915212.1
ATGGAAGGAGATTGGAAAAATTATTGGCGTGAACATCCCCAAATTCCATCTCCTGGCGAATCAAATGCATCCGGCCAAGGATTCTCGCCGTCCATGCAAGAATCAAATGCCTTTCAATCGGCCACCAATTTGAACGCCCGATTTGCTGCGGAGGCCGACCCCGAGCCCGACGTGGGGGAGATTGCTTCTATGCCGGCGACCACCAAACAACGTGGTAACTATCGTCCGCCGGAAACGATACTCATATGTCGTTTGTATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991008
ATGGAAGGAGATTGGAAAAATTATTGGCGTGAACATCCCCAAATTCCATCTCCTGGCGAATCAAATGCATCCGGCCAAGGATTCTCGCCGTCCATGCAAGAATCAAATGCCTTTCAATCGGCCACCAATTTGAACGCCCGATTTGCTGCGGAGGCCGACCCCGAGCCCGACGTGGGGGAGATTGCTTCTATGCCGGCGACCACCAAACAACGTGGTAACTATCGTCCGCCGGAAACGATACTCATATGTCGTTTGTATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771195.1
MEGDWKNYWREHPQIPSPGESNASGQGFSPSMQESNAFQSATNLNARFAAEADPEPDVGEIASMPATTKQRGNYRPPETILICRLYLEHTHDSMVGTDQKGKEYWGAICTAYNAQRPQGAITRDIKQIKSHFQCVAKGCKRWEALYKKCRDNWASDMGDDQIIEQTEKMWIAEFQANFRYPYAWKVLRESKKFGSIGQDVHSDKRSKGSDGQGTMTSSDQSISTRPQGQKAAKRDKGKGKKKAEENTQALRYMAEMVKVM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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