当前解析结果
SmilChr06G003091| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003091 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003091 |
| 描述 | kirola-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 43757301 - 43759673 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989817 |
|---|---|
| GeneID | 130989817 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989817 |
| 原始查询 | SmilChr06G003091 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | kirola-like |
| 产物 | kirola-like |
| Arabidopsis | AT1G70830 (MLP28)MLP-like protein 28 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843420] identity=44.4; qcov=0.993; evalue=2.13e-41; confidence=medium |
| Rice | Os04g0465600- identity=25; qcov=0.895; evalue=8.8e-12; confidence=low |
| GO | GO:0006952 (defense response) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00407 (Bet_v_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989817 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057769906.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057769906.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769906.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769906.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769906.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:43757493 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 135 | A1,A10,A11,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A22,A23,A24,A4,A8,A9,B100,B101,B102,B104,B105,B107,B108,B113,B115,B117,B119,B120,B122,B123,B125,B126,B128,B132,B133,B134,B137,B139,B18,B20,B23,B27,B29,B32,B33,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B42,B43,B44,B45,B5,B50,B53,B54,B59,B6,B61,B62,B65,B66,B67,B69,B7,B71,B73,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B85,B87,B88,B9,B93,B94,B99,C1,C14,C17,C18,C22,C23,C25,C26,C28,C29,C31,C32,C33,C4,C42,C43,C48,C49,C5,C50,C52,C53,C55,C57,C58,C59,C61,C64,C66,C67,C7,C70,C71,C72,C73,C76,C77,C78,C79,C82,C83,C84,C87,C9,D1,D11,D2,D4,D6,D8,D9 |
Chr6:43757591 |
ACT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C13 |
Chr6:43757591 |
ACT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C13 |
Chr6:43757610 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C13 |
Chr6:43757705 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B15,B85,B94,C14,D7 |
Chr6:43759502 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | A25,C18,C39,C63 |
Chr6:43759502 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | A25,C18,C39,C63 |
Chr6:43759631 |
T |
TAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 10 | B110,B114,B127,B19,B56,B96,C12,C54,C8,C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769906.1PF00407
Bet_v_1 4-150 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769906.1 |
Pfam | PF00407 |
Bet_v_1 | Domain | 4 | 150 | 2e-38 | 132.4 | Pathogenesis-related protein Bet v 1 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。