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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003091

染色体: Chr06 坐标: 43757301-43759673 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003091
名称SmilChr06G003091
描述kirola-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向43757301 - 43759673 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989817
GeneID130989817
locus_tag-
NCBI NameLOC130989817
原始查询SmilChr06G003091

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kirola-like
产物kirola-like
ArabidopsisAT1G70830 (MLP28)
MLP-like protein 28 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843420]
identity=44.4; qcov=0.993; evalue=2.13e-41; confidence=medium
RiceOs04g0465600
-
identity=25; qcov=0.895; evalue=8.8e-12; confidence=low
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00407 (Bet_v_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989817

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057769906.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057769906.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769906.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769906.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769906.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:43757493 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 135 A1,A10,A11,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A22,A23,A24,A4,A8,A9,B100,B101,B102,B104,B105,B107,B108,B113,B115,B117,B119,B120,B122,B123,B125,B126,B128,B132,B133,B134,B137,B139,B18,B20,B23,B27,B29,B32,B33,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B42,B43,B44,B45,B5,B50,B53,B54,B59,B6,B61,B62,B65,B66,B67,B69,B7,B71,B73,B76,B78,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B85,B87,B88,B9,B93,B94,B99,C1,C14,C17,C18,C22,C23,C25,C26,C28,C29,C31,C32,C33,C4,C42,C43,C48,C49,C5,C50,C52,C53,C55,C57,C58,C59,C61,C64,C66,C67,C7,C70,C71,C72,C73,C76,C77,C78,C79,C82,C83,C84,C87,C9,D1,D11,D2,D4,D6,D8,D9
Chr6:43757591 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C13
Chr6:43757591 ACT A 2bp_deletion CDS_variant 1 C13
Chr6:43757610 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr6:43757705 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,B85,B94,C14,D7
Chr6:43759502 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 A25,C18,C39,C63
Chr6:43759502 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 A25,C18,C39,C63
Chr6:43759631 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 10 B110,B114,B127,B19,B56,B96,C12,C54,C8,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769906.1
152 aa
N
1
76
152
Bet_v_1
C
PF00407 Bet_v_1 4-150 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769906.1 Pfam PF00407 Bet_v_1 Domain 4 150 2e-38 132.4 Pathogenesis-related protein Bet v 1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913923.1
ACATATCTATTGCAATAATCAATTAAATTGGGAGATGGGATTACATGGGAAATTGATTGCAGCAATAGAATTCAAAGCTGGTGGAGATGTGTTCCACCAACTCTGGAGACACAACCCACATCAGCTTCCCTCAGTTGCCCCTCATAAAATACATAGTTGTGATCTGCATGGAGGGCAATTTGGTCATGTTGATTCCATCCTTTTCTGGAGGTACACTCATGATGGGAAAAGGATGACAGTGAAAGAAGTGATCCAAGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989817
ATGGGATTACATGGGAAATTGATTGCAGCAATAGAATTCAAAGCTGGTGGAGATGTGTTCCACCAACTCTGGAGACACAACCCACATCAGCTTCCCTCAGTTGCCCCTCATAAAATACATAGTTGTGATCTGCATGGAGGGCAATTTGGTCATGTTGATTCCATCCTTTTCTGGAGGTACACTCATGATGGGAAAAGGATGACAGTGAAAGAAGTGATCCAAGCCATCGATGAAGAGAAAAGGCTAGTTCAATCCAAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769906.1
MGLHGKLIAAIEFKAGGDVFHQLWRHNPHQLPSVAPHKIHSCDLHGGQFGHVDSILFWRYTHDGKRMTVKEVIQAIDEEKRLVQSKVVEGDIMQLYKDFFLTCHVETKGAVDLVTWTLEYEKVKEDVEHPISLLSFFIDLTKDIETHHLAKH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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