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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003101

染色体: Chr06 坐标: 43862275-43864791 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003101
名称SmilChr06G003101
描述transmembrane ascorbate ferrireductase 2-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向43862275 - 43864791 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989827
GeneID130989827
locus_tag-
NCBI NameLOC130989827
原始查询SmilChr06G003101

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transmembrane ascorbate ferrireductase 2-like
产物transmembrane ascorbate ferrireductase 2-like
ArabidopsisAT5G38630 (CYB-1)
cytochrome B561-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833853]
identity=69.9; qcov=0.97; evalue=2.57e-116; confidence=high
RiceOs08g0384000
-
identity=59.5; qcov=0.996; evalue=3e-99; confidence=high
GOGO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG-
PfamPF03188 (Cytochrom_B561)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989827

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.80000 XP_057769926.1
2 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.80000 XP_057769926.1
3 Vesicle 囊泡 0.80000 XP_057769926.1
4 Synaptic vesicle Synaptic vesicle 0.20000 XP_057769926.1
5 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057769926.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:43862485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr6:43862491 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr6:43862492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr6:43862546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B4,B73,C29,C31
Chr6:43862586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,C13,C3
Chr6:43864081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B122,B49,B88,C38
Chr6:43864123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B97,D11
Chr6:43864144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B97,D11
Chr6:43864189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B82
Chr6:43864196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B122
Chr6:43864201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B20,C42,C58
Chr6:43864218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B59,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769926.1
233 aa
N
1
116
233
Cytochrom_B561
C
PF03188 Cytochrom_B561 49-181 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769926.1 Pfam PF03188 Cytochrom_B561 Family 49 181 2.2e-47 161.5 Eukaryotic cytochrome b561

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913943.1
AAATACTTTGACAAAAGCAAAGCGACCTCGCTTTTTTATATTCCCTCCTTCTAAATGCGGCATTTCCCCAAATCCCCGTCTCTGCCTCTCTGAAAGTCAAAGGTCAACCTTTCAACAGAGCTCCGCCTCCGCCTCCCACCTACCCTTGTGGAATGCAAAACCTTCTCTCTCTCAATTACACTCATCAAATTCCTTCTTGATCTTTCAAATGGCGGTGCCGATAGCACGCTTTCCTATCTTCCCGGTGGTCAGAATCATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989827
ATGGCGGTGCCGATAGCACGCTTTCCTATCTTCCCGGTGGTCAGAATCATCGGAGTTACAGTCCTCTTACTCCTCTTAATTTGGACTCTGCATTACAGAGGCGGCTTGGCCCTCATTTCCGAGAATAAAGATCTCATCTTCAATGTTCATCCTGTATTAATGGTGATTAGCCTTGTGCTCCTCAATGGCGAAGCCATGCTAGCATACAAGACTGTGTCTGGAACAAAAAACTTCAAAAAGACAGTTCATCTTTTCCTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769926.1
MAVPIARFPIFPVVRIIGVTVLLLLLIWTLHYRGGLALISENKDLIFNVHPVLMVISLVLLNGEAMLAYKTVSGTKNFKKTVHLFLQFLAFFLSIIGLWAAWKFHVDKGIDNFYSLHSWLGLACLVLFGIQWAAGFVTFWYPGGSRHNRSSLMPWHVFLGIYIYTLAVATCATGLLEKATFLQTQKIISRYSAEALLVNSLGILLVILAGFVILGVVSPLHGKGENPKGIAEE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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