当前解析结果
SmilChr06G003101| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003101 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003101 |
| 描述 | transmembrane ascorbate ferrireductase 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 43862275 - 43864791 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989827 |
|---|---|
| GeneID | 130989827 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989827 |
| 原始查询 | SmilChr06G003101 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transmembrane ascorbate ferrireductase 2-like |
| 产物 | transmembrane ascorbate ferrireductase 2-like |
| Arabidopsis | AT5G38630 (CYB-1)cytochrome B561-1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833853] identity=69.9; qcov=0.97; evalue=2.57e-116; confidence=high |
| Rice | Os08g0384000- identity=59.5; qcov=0.996; evalue=3e-99; confidence=high |
| GO | GO:0016491 (oxidoreductase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03188 (Cytochrom_B561) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989827 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.80000 | XP_057769926.1 |
| 2 | Secretory vesicle | Secretory vesicle | 0.80000 | XP_057769926.1 |
| 3 | Vesicle | 囊泡 | 0.80000 | XP_057769926.1 |
| 4 | Synaptic vesicle | Synaptic vesicle | 0.20000 | XP_057769926.1 |
| 5 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057769926.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:43862485 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr6:43862491 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr6:43862492 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr6:43862546 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B102,B4,B73,C29,C31 |
Chr6:43862586 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B42,B43,C13,C3 |
Chr6:43864081 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B106,B122,B49,B88,C38 |
Chr6:43864123 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B97,D11 |
Chr6:43864144 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B97,D11 |
Chr6:43864189 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B14,B82 |
Chr6:43864196 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,B122 |
Chr6:43864201 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A24,B20,C42,C58 |
Chr6:43864218 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B59,C9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769926.1PF03188
Cytochrom_B561 49-181 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769926.1 |
Pfam | PF03188 |
Cytochrom_B561 | Family | 49 | 181 | 2.2e-47 | 161.5 | Eukaryotic cytochrome b561 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。