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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003103

染色体: Chr06 坐标: 43878660-43880274 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003103
名称SmilChr06G003103
描述transcription factor DICHOTOMA-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向43878660 - 43880274 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989829
GeneID130989829
locus_tag-
NCBI NameLOC130989829
原始查询SmilChr06G003103

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor DICHOTOMA-like
产物transcription factor DICHOTOMA-like
ArabidopsisAT1G67260 (TCP1)
TCP family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767658]
identity=47.3; qcov=0.466; evalue=5.52e-30; confidence=medium
RiceOs03g0706500 (FC1)
-
identity=41.7; qcov=0.581; evalue=5.48e-26; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:2000032 (regulation of secondary shoot formation)
KEGG-
PfamPF03634 (TCP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989829

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057769934.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769934.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769934.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769934.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057769934.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:43879740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr6:43879749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,C54,C55,C77
Chr6:43879752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr6:43879840 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr6:43879864 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B71
Chr6:43879864 G GCC 2bp_insertion CDS_variant 1 B71
Chr6:43879872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr6:43879875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769934.1
323 aa
N
1
162
323
TCP
C
PF03634 TCP 75-194 aa
XP_057769935.1
322 aa
N
1
161
322
TCP
C
PF03634 TCP 75-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769934.1 Pfam PF03634 TCP Family 75 194 3.4e-41 142.1 TCP family transcription factor
XP_057769935.1 Pfam PF03634 TCP Family 75 194 3.4e-41 142.1 TCP family transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913952.1
TAGCTCCTCTCTGCTGTATCAGCATGATCATTATCATGGTCAGGTTCTTTAATTATTGTGATTGCATTTTTAATTTAATCAGCAGATGCAAATGAGTTGGCTATCTATGGCCCCAACCCATATCTTGGCATGTAAATTTAAAGAAAGAGACAAGACTTTTCCTAACCCCAATAAAACAGGCCTGCTAAACAAAGCCATTACCCTCTCGAACATCCCTTTCCTCTACGGTTCTTGCGCCTCCGTTTCGGCCGAGTGCCAGA...
XM_057913951.1
TAGCTCCTCTCTGCTGTATCAGCATGATCATTATCATGGTCAGGTTCTTTAATTATTGTGATTGCATTTTTAATTTAATCAGCAGATGCAAATGAGTTGGCTATCTATGGCCCCAACCCATATCTTGGCATGTAAATTTAAAGAAAGAGACAAGACTTTTCCTAACCCCAATAAAACAGGCCTGCTAAACAAAGCCATTACCCTCTCGAACATCCCTTTCCTCTACGGTTCTTGCGCCTCCGTTTCGGCCGAGTGCCAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989829
ATGTTTGGCAGGAACCCTTACCTCATCCCGCCCCGTTCCGCCCCCGGCCCCGTCGACCTCGACGGGGTCGAAATCTTGCTCCACCACCACCACCACCACTACCCCGAGGCCTTCCCGGGGCTCTACCTCGCCCACGCCCACGCCGCCGAAGACGGCGGCGTGGGCGTGGGCGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCTCGGCGCCCCCCGCGAGGAAGCAGGCGGGGGCGAAGAAGGATCGGCACAGCAAGATAAACACGGCGCA...
LOC130989829
ATGTTTGGCAGGAACCCTTACCTCATCCCGCCCCGTTCCGCCCCCGGCCCCGTCGACCTCGACGGGGTCGAAATCTTGCTCCACCACCACCACCACCACTACCCCGAGGCCTTCCCGGGGCTCTACCTCGCCCACGCCCACGCCGCCGAAGACGGCGGCGTGGGCGTGGGCGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCTCGGCGCCCCCCGCGAGGAAGCAGGCGGGGGCGAAGAAGGATCGGCACAGCAAGATAAACACGGCGCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057769934.1
MFGRNPYLIPPRSAPGPVDLDGVEILLHHHHHHYPEAFPGLYLAHAHAAEDGGVGVGAEAEAEASAPPARKQAGAKKDRHSKINTAQGPRDRRVRLSIGIARKFFDLQEMLGFDKPSKTLDWLLTKSKTAIKELVQSASGNSSPSACEMISSENGGEYSNANRRKDKAAAPSVAKESRAKARARARERTLEKMCIKQLGGDRCDASDLNASSSFQCRNNQQLEFLQLSAGSSTAAGFRDHPVYHFPSPPPTQDLIQESVV...
XP_057769935.1
MFGRNPYLIPPRSAPGPVDLDGVEILLHHHHHHYPEAFPGLYLAHAHAAEDGGVGVGAEAEAEASAPPARKQAGAKKDRHSKINTAQGPRDRRVRLSIGIARKFFDLQEMLGFDKPSKTLDWLLTKSKTAIKELVQSASGNSSPSACEMISSENGGEYSNANRRKDKAAAPSVAKESRAKARARARERTLEKMCIKQLGGDRCDASDLNASSSFQCRNNQQLEFLQLSAGSSTAAGFRDHPVYHFPSPPPTQDLIQESVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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