当前解析结果
SmilChr06G003103| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003103 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003103 |
| 描述 | transcription factor DICHOTOMA-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 43878660 - 43880274 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989829 |
|---|---|
| GeneID | 130989829 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989829 |
| 原始查询 | SmilChr06G003103 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor DICHOTOMA-like |
| 产物 | transcription factor DICHOTOMA-like |
| Arabidopsis | AT1G67260 (TCP1)TCP family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767658] identity=47.3; qcov=0.466; evalue=5.52e-30; confidence=medium |
| Rice | Os03g0706500 (FC1)- identity=41.7; qcov=0.581; evalue=5.48e-26; confidence=medium |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:2000032 (regulation of secondary shoot formation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03634 (TCP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989829 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057769934.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769934.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769934.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057769934.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057769934.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:43879740 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C10 |
Chr6:43879749 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B27,C54,C55,C77 |
Chr6:43879752 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr6:43879840 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B71 |
Chr6:43879864 |
G |
GCC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B71 |
Chr6:43879864 |
G |
GCC |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B71 |
Chr6:43879872 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C21 |
Chr6:43879875 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769934.1PF03634
TCP 75-194 aa
XP_057769935.1PF03634
TCP 75-194 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769934.1 |
Pfam | PF03634 |
TCP | Family | 75 | 194 | 3.4e-41 | 142.1 | TCP family transcription factor |
XP_057769935.1 |
Pfam | PF03634 |
TCP | Family | 75 | 194 | 3.4e-41 | 142.1 | TCP family transcription factor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。