当前解析结果
SmilChr06G003111| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003111 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003111 |
| 描述 | probable galacturonosyltransferase-like 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 43962838 - 43964748 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989837 |
|---|---|
| GeneID | 130989837 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989837 |
| 原始查询 | SmilChr06G003111 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable galacturonosyltransferase-like 1 |
| 产物 | probable galacturonosyltransferase-like 1 |
| Arabidopsis | AT3G50760 (GATL2)galacturonosyltransferase-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824240] identity=67.1; qcov=0.992; evalue=8.33e-176; confidence=high |
| Rice | Os03g0678800- identity=66.5; qcov=0.963; evalue=9.42e-156; confidence=high |
| GO | GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01501 (Glyco_transf_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989837 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.80000 | XP_057769948.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057769948.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769948.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769948.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769948.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:43963580 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr6:43963801 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C2,C32,C68 |
Chr6:43964087 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C61 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769948.1PF01501
Glyco_transf_8 68-326 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769948.1 |
Pfam | PF01501 |
Glyco_transf_8 | Family | 68 | 326 | 6.1e-48 | 164.3 | Glycosyl transferase family 8 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。