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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003114

染色体: Chr06 坐标: 43993444-43995814 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003114
名称SmilChr06G003114
描述ABC transporter B family member 19-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向43993444 - 43995814 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989841
GeneID130989841
locus_tag-
NCBI NameLOC130989841
原始查询SmilChr06G003114

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter B family member 19-like
产物ABC transporter B family member 19-like
ArabidopsisAT3G28860 (ABCB19)
ATP binding cassette subfamily B19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822519]
identity=64.1; qcov=0.792; evalue=1.17e-36; confidence=medium
RiceOs04g0642000 (OsABCB16)
-
identity=57.5; qcov=0.723; evalue=4.96e-28; confidence=medium
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989841

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057769952.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057769952.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769952.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769952.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769952.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:43993543 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 38 A10,A11,A13,A19,A23,A24,A8,B1,B106,B107,B11,B114,B121,B128,B130,B133,B139,B17,B24,B25,B37,B44,B6,B70,B81,B88,B92,B93,C24,C27,C30,C38,C41,C48,C66,C75,C87,D10
Chr6:43993583 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C22
Chr6:43993583 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C22
Chr6:43993587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B121,C38,C87
Chr6:43993617 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B32,C1,C14,C19
Chr6:43993617 TA T 1bp_deletion CDS_variant 4 B32,C1,C14,C19
Chr6:43993630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:43993888 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 3 A16,B130,C65
Chr6:43993888 GA G 1bp_deletion CDS_variant 3 A16,B130,C65
Chr6:43994044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B76,B84,C39,C45
Chr6:43994065 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 8 A25,B2,B71,B80,C29,C36,C63,D3
Chr6:43994087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913969.1
ACACATAATTACCCACACATAATAATGTGTGGTAGTTTCGCCACACATAATTTCAAAATGTGTAGGTAATTCACACAAAAAAATTTCATTAGTTATTGACATTTAAAATGTGTGGCAAAAACATTTTCGTGACATTTATTATTTTACGGTTATTTTTAAGTTTTATTTATGTATAATAAAATTTATTTTTAAATTTGTTGCGCCAACGTGGCAAACTAATAAAAGTTATTAACCACACATAATTCTAAATTATCTATGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989841
ATGGCCGAAGCAACTGAAGCTAAAGAAACGGCAAATGCAGAAAAAAAGAAAGAGCAAAGCCTGCCTTTCTATCAGCTATTTTCATTCGCGGATAAATACGACTGCGTTTTGATGATTTTCGGCAGCCTTGGAGCTGTCATACACGGTCTTCAATGCCTGTTTTCTTTCTGCTTTTCGGTCAATGGTTTCGGTAAAAACCAAATGGATTTGCACAAAATGACACATGAAGTTGGAAAGTATGCTTTATATTTCGTTTTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769952.1
MAEATEAKETANAEKKKEQSLPFYQLFSFADKYDCVLMIFGSLGAVIHGLQCLFSFCFSVNGFGKNQMDLHKMTHEVGKYALYFVFLGLVVCCSSYAGRDCMLDVHGRKASWCPEKKIFGGSVETRRGIL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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