Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003115`

染色体: Chr06 坐标: 44000739-44005379 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003115`
名称	SmilChr06G003115
描述	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 10
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	44000739 - 44005379 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989839`
GeneID	`130989839`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989839`
原始查询	`SmilChr06G003115`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 10
产物	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 10
Arabidopsis	`AT5G60990` (AT5G60990) DEA(D/H)-box RNA helicase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836220] identity=75.3; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0669000` (TOGR1) - identity=64.7; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0003724 (RNA helicase activity); GO:0005524 (ATP binding)
KEGG	-
Pfam	PF00270 (DEAD); PF00271 (Helicase_C); PF04851 (ResIII)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989839

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057769951.1`
2	Nucleolus	核仁	1.00000	`XP_057769951.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769951.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769951.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769951.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:44001062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr6:44001404`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr6:44001436`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B100,B54,B71,B9
`Chr6:44001469`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:44002385`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr6:44003196`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B102,B88,C38,C6
`Chr6:44004026`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C56
`Chr6:44004083`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B80,C86
`Chr6:44004084`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr6:44004918`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr6:44005024`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	frameshift_variant	136	A10,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A20,A21,A24,A3,A4,A9,B1,B101,B103,B108,B110,B112,B113,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B123,B124,B128,B13,B130,B131,B135,B137,B138,B140,B15,B19,B2,B20,B21,B23,B27,B28,B34,B35,B36,B37,B38,B40,B41,B44,B45,B46,B49,B50,B53,B59,B6,B60,B61,B62,B64,B7,B70,B71,B72,B73,B76,B77,B78,B79,B83,B85,B86,B87,B9,B92,B93,B95,B96,B99,C1,C10,C11,C13,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C24,C26,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C36,C37,C38,C39,C41,C45,C46,C49,C5,C50,C51,C53,C54,C56,C59,C6,C61,C62,C66,C68,C72,C73,C76,C77,C80,C83,C84,C85,C87,C9,D11,D2,D3,D5,D9
`Chr6:44005027`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	132	A10,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A20,A21,A24,A3,A9,B1,B10,B101,B103,B108,B110,B112,B113,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B123,B124,B128,B13,B130,B131,B135,B137,B138,B140,B15,B19,B20,B21,B23,B27,B28,B34,B35,B36,B37,B38,B40,B41,B44,B45,B46,B49,B50,B53,B59,B6,B60,B61,B62,B64,B7,B70,B71,B72,B73,B76,B77,B78,B79,B83,B85,B86,B87,B92,B93,B95,B96,B99,C1,C10,C11,C13,C15,C17,C18,C19,C20,C21,C24,C26,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C36,C37,C39,C41,C45,C46,C49,C5,C50,C51,C53,C54,C56,C59,C6,C61,C62,C66,C68,C72,C73,C76,C77,C80,C83,C84,C85,C87,C9,D11,D2,D3,D5,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769951.1

458 aa

229

458

DEAD

ResIII

Helicase_C

PF00270 DEAD 41-207 aa PF04851 ResIII 61-201 aa PF00271 Helicase_C 247-351 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769951.1`	Pfam	`PF00270`	DEAD	Domain	41	207	2e-48	165.0	DEAD/DEAH box helicase
`XP_057769951.1`	Pfam	`PF04851`	ResIII	Family	61	201	7.9e-07	29.8	Type III restriction enzyme, res subunit
`XP_057769951.1`	Pfam	`PF00271`	Helicase_C	Domain	247	351	1.2e-31	109.9	Helicase conserved C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913968.1
GAGTTTGTTTTACGATCCAGCCCGATTCGACCCGACCGCCCTAACACACAAAATAGAAAAACCTTAAAACCCTTCCCGGGAGTCCCTTCTTCTCACCACAAAAACCGCCGCCTTCGATAATCCTAATCGCCGCCGTCCACCTCCGTTTTCCCGATAACCGTCGCTGGAGCTCCTGTAATGGGGGATTCTGCTCAAGCTCCTATTAGGGAGGAAGACCTTGTGGAGAAAACATTCAAGGATTTGGGAGTAAACGATCAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989839
ATGGGGGATTCTGCTCAAGCTCCTATTAGGGAGGAAGACCTTGTGGAGAAAACATTCAAGGATTTGGGAGTAAACGATCAATTAATAGACGCCTGCGACACTCTCGGTTGGAAAAACCCTACTAGAATACAGTGTGAGGCCATACCTCTTGCTTTAGAAGGGAAAGATGTGATCGGGCTCGCCCAAACTGGGTCGGGCAAAACCGGCGCCTTCGCGATTCCGATCATACAATCGCTCCTCGAAGCTCCGCAGGCGTTTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769951.1
MGDSAQAPIREEDLVEKTFKDLGVNDQLIDACDTLGWKNPTRIQCEAIPLALEGKDVIGLAQTGSGKTGAFAIPIIQSLLEAPQAFFACVLAPTRELAIQIAEQFEALGAGIHLRCAVLVGGVDQVQQSIALGKRPHIVVATPGRLIDHLSNTKGFSLRTLKYLVLDEADRLLNEDFEKSLDQILSEIPRERRTFLFSATMTNKVKKLQRACLKNPVKIEAASKYSTVDTLKQQYAFVPAKYKECYLVYILTELTGSTSM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器