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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003125

染色体: Chr06 坐标: 44106614-44111196 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003125
名称SmilChr06G003125
描述kinetochore-associated protein KNL-2 homolog
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44106614 - 44111196 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989851
GeneID130989851
locus_tag-
NCBI NameLOC130989851
原始查询SmilChr06G003125

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinetochore-associated protein KNL-2 homolog
产物kinetochore-associated protein KNL-2 homolog
ArabidopsisAT1G58210 (EMB1674)
EMBRYO DEFECTIVE protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717376]
identity=53.7; qcov=0.442; evalue=1.12e-28; confidence=low
RiceOs04g0347900
-
identity=39.1; qcov=0.428; evalue=1.22e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF09133 (SANTA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989851

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057769970.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057769970.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769970.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769970.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769970.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44108947 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:44109438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr6:44110483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:44110623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B128,B138,C41
Chr6:44110681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr6:44110759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:44110811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B83,C14,C28,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769970.1
215 aa
N
1
108
215
SANTA
C
PF09133 SANTA 53-143 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769970.1 Pfam PF09133 SANTA Domain 53 143 5.9e-25 88.3 SANTA (SANT Associated)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913987.1
CATTTGAGCTCCATTGAGCTCGGATAAATTGGTGAGGCTCTCAACAAATTCCGGCTGCCCCCTCCTCCGATTGGCGGCGGACACCATCGACGGCGTCTCCCTCGGCTCACAACAACAGCCGCTCGTCTCCTCTCCATCTCTGAAAGTCGAGCCTTCGTCCCAATTTTGATGAGAACGGAGATGGGTGTTGAAGGATTTAGCAGTAGTAAATGGCCTGGGCTGGTTAGACAACAGAATTCCAAGAGAGCCAGCTTCCCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989851
ATGAGAACGGAGATGGGTGTTGAAGGATTTAGCAGTAGTAAATGGCCTGGGCTGGTTAGACAACAGAATTCCAAGAGAGCCAGCTTCCCAGATAGCAAAAGATATGAGGAAGCAAAGCTGGTTCAATCTGCAGAAGCAGCTTCTGGAAGAAAGTTGATATTATTGCAAGATTGGTGGCTGGTCAAAGCAGGTCCAGATTCTCATGGCAAACGATTAGGCATTGGAGGCTTCACTTCGAAAGGACAAGGAATACGATGTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769970.1
MRTEMGVEGFSSSKWPGLVRQQNSKRASFPDSKRYEEAKLVQSAEAASGRKLILLQDWWLVKAGPDSHGKRLGIGGFTSKGQGIRCFSSAPILKRHDAVTLQTVDGITLMVHGYLNRSRTLENGFSREVCDDFLIGFPYYWEDFAAISDSEEAVYSKGASPSDAFKTPAQEDLGRNLMREESRAKKKKTCVPIQSMDSAGGPLTRSRARLLVTRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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