当前解析结果
SmilChr06G003125| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003125 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003125 |
| 描述 | kinetochore-associated protein KNL-2 homolog |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 44106614 - 44111196 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989851 |
|---|---|
| GeneID | 130989851 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989851 |
| 原始查询 | SmilChr06G003125 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | kinetochore-associated protein KNL-2 homolog |
| 产物 | kinetochore-associated protein KNL-2 homolog |
| Arabidopsis | AT1G58210 (EMB1674)EMBRYO DEFECTIVE protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717376] identity=53.7; qcov=0.442; evalue=1.12e-28; confidence=low |
| Rice | Os04g0347900- identity=39.1; qcov=0.428; evalue=1.22e-17; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF09133 (SANTA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989851 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057769970.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057769970.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769970.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769970.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057769970.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:44108947 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:44109438 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr6:44110483 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:44110623 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B128,B138,C41 |
Chr6:44110681 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr6:44110759 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:44110811 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B83,C14,C28,C59 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769970.1PF09133
SANTA 53-143 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769970.1 |
Pfam | PF09133 |
SANTA | Domain | 53 | 143 | 5.9e-25 | 88.3 | SANTA (SANT Associated) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。