当前解析结果
SmilChr06G003127| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003127 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003127 |
| 描述 | STS14 protein |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 44125311 - 44126007 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989853 |
|---|---|
| GeneID | 130989853 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989853 |
| 原始查询 | SmilChr06G003127 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | STS14 protein |
| 产物 | STS14 protein |
| Arabidopsis | AT5G66590 (AT5G66590)CAP (Cysteine-rich secretory proteins, Antigen 5, and Pathosis-related 1 protein) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836791] identity=59.9; qcov=0.835; evalue=1.87e-60; confidence=high |
| Rice | Os01g0382400 (OsPR1#012)- identity=47.5; qcov=0.818; evalue=2.34e-34; confidence=medium |
| GO | GO:0005615 (GO:0005615) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00188 (CAP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989853 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057769974.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057769974.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769974.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769974.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769974.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:44125443 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B123,B136,B97 |
Chr6:44125493 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B19,C54 |
Chr6:44125532 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C1 |
Chr6:44125532 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C1 |
Chr6:44125536 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr6:44125557 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,C2,C62 |
Chr6:44125629 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr6:44125635 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B37,B69,C38 |
Chr6:44125654 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,C36,C47 |
Chr6:44125659 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B123,B136,B30,B97 |
Chr6:44125768 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,B119,B65 |
Chr6:44125770 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A10,C80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769974.1PF00188
CAP 36-158 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769974.1 |
Pfam | PF00188 |
CAP | Domain | 36 | 158 | 7.2e-15 | 56.6 | Cysteine-rich secretory protein family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。