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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003135

染色体: Chr06 坐标: 44255463-44258418 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003135
名称SmilChr06G003135
描述uncharacterized SmilChr06G003135
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44255463 - 44258418 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991014
GeneID130991014
locus_tag-
NCBI NameLOC130991014
原始查询SmilChr06G003135

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839634]; symbol=AT1G27435; hit=AT1G27435; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839634]; symbol=AT1G27435; hit=AT1G27435; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G27435 (AT1G27435)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839634]
identity=66.7; qcov=0.33; evalue=1.21e-23; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991014

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057771199.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057771199.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771199.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771199.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771199.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44256850 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C36
Chr6:44256896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C82
Chr6:44256921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C28,C45,D11
Chr6:44256951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C28,C45,D11
Chr6:44256958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B130,C16
Chr6:44256979 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B38,B39,C76,D8
Chr6:44257007 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 23 A16,A3,A4,B113,B126,B18,B24,B35,B40,B6,B87,B9,B94,B95,C10,C29,C51,C54,C56,C62,C63,C68,D9
Chr6:44257012 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,C48,C9
Chr6:44257017 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr6:44257030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B71,C54
Chr6:44257105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,B8
Chr6:44257115 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B58,B61,B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915216.1
ATGCTCTACGGAGGGAGCCGCGCACGCGGCAGCATTGCTCTGCCACTACTCACTCGCCCCACCCCTGAATTCCAATTCGCCTCGCCGGAGTTGTTGCAGCGGCTGGGCAGATCTGGCGCGGCCGTGAGCTGCCCACTGAACGGCAGATCTGGTCCGGGCAATAGAGGATGGGGTCGGACGGCGGTACGTGGCGCGGAGGCTGGTGAGGATCTGGTGGTTCTGGCGGCGGAGCTAGGGGGTTTTGCTGCGGAAACCCTAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991014
ATGCTCTACGGAGGGAGCCGCGCACGCGGCAGCATTGCTCTGCCACTACTCACTCGCCCCACCCCTGAATTCCAATTCGCCTCGCCGGAGTTGTTGCAGCGGCTGGGCAGATCTGGCGCGGCCGTGAGCTGCCCACTGAACGGCAGATCTGGTCCGGGCAATAGAGGATGGGGTCGGACGGCGGTACGTGGCGCGGAGGCTGGTGAGGATCTGGTGGTTCTGGCGGCGGAGCTAGGGGGTTTTGCTGCGGAAACCCTAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771199.1
MLYGGSRARGSIALPLLTRPTPEFQFASPELLQRLGRSGAAVSCPLNGRSGPGNRGWGRTAVRGAEAGEDLVVLAAELGGFAAETLDLKRCSRIRRRRGAAWCTEAVASKSEYYTEDDFLDGLSCCHGLGELLFRSSGTRVLEPHSFLWGASCGTRVLELVKKHNSPGLLWKRIKLTSTRKANAKKRLRRVWQNEAVLRAYAETPPQEVSRAEGSGNIAKDNQSPQG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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