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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003140

染色体: Chr06 坐标: 44381890-44383784 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003140
名称SmilChr06G003140
描述uncharacterized SmilChr06G003140
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44381890 - 44383784 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991021
GeneID130991021
locus_tag-
NCBI NameLOC130991021
原始查询SmilChr06G003140

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=32.4; qcov=0.46; evalue=2.46e-39; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991021

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771205.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057771205.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771205.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771205.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771205.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44381925 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B110,B95,C15,C17
Chr6:44381925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B95,C15,C17
Chr6:44382002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B19,C40,C9
Chr6:44382044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr6:44382079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B82
Chr6:44382133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,C86
Chr6:44382206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B31,C10
Chr6:44382226 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 38 A1,A14,B10,B107,B126,B128,B139,B17,B19,B2,B20,B21,B22,B35,B38,B4,B40,B41,B44,B55,B57,B59,B69,B75,B82,B91,B98,C1,C19,C36,C40,C46,C48,C74,C87,D10,D5,D7
Chr6:44382234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr6:44382246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr6:44382269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr6:44382288 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B102,C18,C59,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915222.1
ATGGCTAGGAGAAAAGATCTCTCCACATTTGAGAGGGCAGCAATAATCCAGTTCATCCTTGAAGACAGCAAGAAGGGGAAGCCTGCCAGGGGTAAGATTGCAGCCGCTGTTACAAAATGGAGCAGCTCGAGAACTACAATCAATCGGATTTGGGCAGCTGCAAAAAAGCAAAAAGAGAATGGTGAGGTAATATGTTCCATGAGTCGAAAAATACAAAGACCAAGACAAAAAAGAGTGCAGATAGAATTTCAGTTAATTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991021
ATGGCTAGGAGAAAAGATCTCTCCACATTTGAGAGGGCAGCAATAATCCAGTTCATCCTTGAAGACAGCAAGAAGGGGAAGCCTGCCAGGGGTAAGATTGCAGCCGCTGTTACAAAATGGAGCAGCTCGAGAACTACAATCAATCGGATTTGGGCAGCTGCAAAAAAGCAAAAAGAGAATGGTGAGGTAATATGTTCCATGAGTCGAAAAATACAAAGACCAAGACAAAAAAGAGTGCAGATAGAATTTCAGTTAATTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771205.1
MARRKDLSTFERAAIIQFILEDSKKGKPARGKIAAAVTKWSSSRTTINRIWAAAKKQKENGEVICSMSRKIQRPRQKRVQIEFQLIANLDLSKRSTIRRLACGIQCSKSTVGRWIKQGLIKAHSNAIKPDLTAPNKLLRLRFSLEALEYDRIMRSVTFKNMHNTIHIDEKWFYITKSNQRFYLTPAETEPHRTCKSKKFITKVMFMCAVCRPIFGPDGECLFDGKIGIFPFTEMVPAQRKSKNREAGTLEIKPIQSITKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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