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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003143

染色体: Chr06 坐标: 44493453-44496162 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003143
名称SmilChr06G003143
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20230-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44493453 - 44496162 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989861
GeneID130989861
locus_tag-
NCBI NameLOC130989861
原始查询SmilChr06G003143

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20230-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20230-like
ArabidopsisAT1G20230 (AT1G20230)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838612]
identity=35.3; qcov=0.971; evalue=1.13e-166; confidence=medium
RiceOs02g0106300
-
identity=33.6; qcov=1.02; evalue=5.84e-153; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989861

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057769988.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057769988.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769988.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769988.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769988.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44494035 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr6:44494093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B19,C40,C9
Chr6:44494111 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 2 A2,B93
Chr6:44494111 GC G 1bp_deletion CDS_variant 2 A2,B93
Chr6:44494232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:44494233 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B137,B27,B44,B51
Chr6:44494356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C45
Chr6:44494381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr6:44494586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B138,C41
Chr6:44494710 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C56,C65
Chr6:44494851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,B81
Chr6:44495096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769988.1
732 aa
N
1
366
732
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 89-117 aa PF01535 PPR 162-185 aa PF01535 PPR 190-220 aa PF13812 PPR_3 287-322 aa PF13041 PPR_2 288-336 aa PF01535 PPR 292-321 aa PF13812 PPR_3 313-370 aa PF13041 PPR_2 324-370 aa PF01535 PPR 326-356 aa PF01535 PPR 399-424 aa PF13041 PPR_2 424-472 aa PF01535 PPR 427-457 aa PF13812 PPR_3 447-505 aa PF01535 PPR 462-490 aa PF20431 E_motif 542-603 aa PF14432 DYW_deaminase 640-732 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769988.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 89 117 1.8e-59 194.6 PPR repeat
XP_057769988.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 162 185 1.8e-59 194.6 PPR repeat
XP_057769988.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 190 220 1.8e-59 194.6 PPR repeat
XP_057769988.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 287 322 8.5e-26 90.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769988.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 288 336 3e-65 216.8 PPR repeat family
XP_057769988.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 292 321 1.8e-59 194.6 PPR repeat
XP_057769988.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 313 370 8.5e-26 90.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769988.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 324 370 3e-65 216.8 PPR repeat family
XP_057769988.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 326 356 1.8e-59 194.6 PPR repeat
XP_057769988.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 399 424 1.8e-59 194.6 PPR repeat
XP_057769988.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 424 472 3e-65 216.8 PPR repeat family
XP_057769988.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 427 457 1.8e-59 194.6 PPR repeat
XP_057769988.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 447 505 8.5e-26 90.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769988.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 462 490 1.8e-59 194.6 PPR repeat
XP_057769988.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 542 603 2.1e-22 79.8 E motif
XP_057769988.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 640 732 3e-37 127.1 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914005.1
TATCACCTTATTATAACACATTTTTCATCAATTACATATTTATCAATTTACTTGAGCTGACAAATTAATGTAATAAAATTATAAAAGTCAATTTATATTTTCAATATTAAAAAAATCTTTCTGTAGTAATGCACTAATGCTAATTAATTTTATTATACAATTTACGAAGGCCACGCACCGCCCTTTCCATCAAGAAGAAGTTGAGCTGAATCTCGCCGGAGATGGGCTTGGCGCCGCCGCTTCTTCTTTACAACTGAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989861
ATGCTAATTAATTTTATTATACAATTTACGAAGGCCACGCACCGCCCTTTCCATCAAGAAGAAGTTGAGCTGAATCTCGCCGGAGATGGGCTTGGCGCCGCCGCTTCTTCTTTACAACTGAATGCCGGCAATAAAATGCTCGCAAAGGTACCCACTGGTCTCCCGTTACATTTGAATGCCAAATTCATCAAGAAATTTCTCAACTTGGGAGATTTAGCGCGCGCGCGCCAACTGTTCGACGGAATATCCGAACCAGACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769988.1
MLINFIIQFTKATHRPFHQEEVELNLAGDGLGAAASSLQLNAGNKMLAKVPTGLPLHLNAKFIKKFLNLGDLARARQLFDGISEPDVQSWTILISAYTKTGRSRDAIMLYTEVKNRGKINLDKFVILAAAKACAVSGDLAKAKEVHFDALNHKFSSDLLIGNALIDMYGKCKYFKGGEQVFRDLRIKDVITWTSFCSCCVNCGLPEAALRAFRDMVVSGVRPNAMTLSSVVPACSRLKCLHSGREMHGFALKNGMGENQF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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