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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003165

染色体: Chr06 坐标: 44605901-44613237 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003165
名称SmilChr06G003165
描述extra-large guanine nucleotide-binding protein 1
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44605901 - 44613237 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989875
GeneID130989875
locus_tag-
NCBI NameLOC130989875
原始查询SmilChr06G003165

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述extra-large guanine nucleotide-binding protein 1
产物extra-large guanine nucleotide-binding protein 1
ArabidopsisAT2G23460 (XLG1)
extra-large G-protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816878]
identity=67.6; qcov=0.798; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0593000
-
identity=57.4; qcov=0.709; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003924 (GTPase activity); GO:0007186 (G protein-coupled receptor signaling pathway); GO:0019001 (guanyl nucleotide binding); GO:0031683 (G-protein beta/gamma-subunit complex binding)
KEGG-
PfamPF00503 (G-alpha)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989875

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057770004.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057770004.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770004.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770004.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770004.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44606527 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C63,C83
Chr6:44606692 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr6:44606756 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B34
Chr6:44606756 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B34
Chr6:44606830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C9
Chr6:44606946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B133,B135,B69,C62
Chr6:44606973 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr6:44606980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B35,B68,C48
Chr6:44607013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B85,B94,C21,C57,D11
Chr6:44607024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr6:44607136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B135,B69,B76,C62
Chr6:44607164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770004.1
971 aa
N
1
486
971
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 560-944 aa
XP_057770005.1
966 aa
N
1
483
966
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 560-939 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770004.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 560 944 5.7e-62 210.5 G-protein alpha subunit
XP_057770005.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 560 939 4.4e-62 210.9 G-protein alpha subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914021.1
TGCCGTCACTCACACAGTCACCAGAGCTTTCGCCACTTTCAATCAACATTCTAAAAGAAAATGAAAAACCCCAAAAAGGAGGAAAAATTAAGCAATTAAATTAAATTAAATTAAAAGATGCCCAATTACGAAACAGTGCCCACCACCATTTGTACCACTTTCCCTTTCCCAACACTTTTTTGCTCCACCCCATATATCCTCTTTGTATTTTCTCCTACACTTTTCTTCTTGCCCTCGATTGCTCGTTTCGAAAAAATAGA...
XM_057914022.1
TGCCCAATTACGAAACAGTGCCCACCACCATTTGTACCACTTTCCCTTTCCCAACACTTTTTTGCTCCACCCCATATATCCTCTTTGTATTTTCTCCTACACTTTTCTTCTTGCCCTCGATTGCTCGTTTCGAAAAAATAGAGAGAAAACTAAGCTTATTCGCTGGGATTTCAACTTGGTTTCTTCCCACTCTTCCTCACAGCAGAACCCAATTCTTTGCTTGCAGTTAAAGTTTGATTTTTTAACGAGTTTTTTTGGGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989875
ATGTCGCTGGAGGTGGCGACTGTTGTGGAAGATGCGGTGGAATATTCCTTCGCGATGGAATATCACGGCCCTCCGATTACCCGTGAGCTGCCGCGGGCCGTGCCCATCAATGTGGATCGGATTCCGGTGGCCTCCGTCGTCTCTCCGCTGCCGTTCTCGGATAGTTTGTCGCTGCCCGTGGTGCAGCCGATATCCGCTGCCGACATAATCGGCAAGAAGCTAGCCAAGGATTTGAAATTGAGCTCCTCCTCCGCCGAGCT...
LOC130989875
ATGTCGCTGGAGGTGGCGACTGTTGTGGAAGATGCGGTGGAATATTCCTTCGCGATGGAATATCACGGCCCTCCGATTACCCGTGAGCTGCCGCGGGCCGTGCCCATCAATGTGGATCGGATTCCGGTGGCCTCCGTCGTCTCTCCGCTGCCGTTCTCGGATAGTTTGTCGCTGCCCGTGGTGCAGCCGATATCCGCTGCCGACATAATCGGCAAGAAGCTAGCCAAGGATTTGAAATTGAGCTCCTCCTCCGCCGAGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057770004.1
MSLEVATVVEDAVEYSFAMEYHGPPITRELPRAVPINVDRIPVASVVSPLPFSDSLSLPVVQPISAADIIGKKLAKDLKLSSSSAELLTVSPTSVIAFESQNNEVSEGSYSKELGLGTETSVSPSSVNNASAESETEIRNSNDICALSGELSSDFECCNRDDALNGVNERGYSSISHDEFVGGVGSSGALESSDSFEKSREFSGSLRKSRLSSAYKESLDFNESNRTDWESNESVLSVDYLSSRVSSRKFGDANQDSGGD...
XP_057770005.1
MSLEVATVVEDAVEYSFAMEYHGPPITRELPRAVPINVDRIPVASVVSPLPFSDSLSLPVVQPISAADIIGKKLAKDLKLSSSSAELLTVSPTSVIAFESQNNEVSEGSYSKELGLGTETSVSPSSVNNASAESETEIRNSNDICALSGELSSDFECCNRDDALNGVNERGYSSISHDEFVGGVGSSGALESSDSFEKSREFSGSLRKSRLSSAYKESLDFNESNRTDWESNESVLSVDYLSSRVSSRKFGDANQDSGGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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