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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003168

染色体: Chr06 坐标: 44631217-44634282 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003168
名称SmilChr06G003168
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50280, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44631217 - 44634282 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989876
GeneID130989876
locus_tag-
NCBI NameLOC130989876
原始查询SmilChr06G003168

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50280, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50280%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G50280 (EMB1006)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835093]
identity=63.7; qcov=0.882; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0294600
-
identity=57.2; qcov=0.768; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989876

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057770006.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057770006.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770006.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770006.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770006.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44631397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B84
Chr6:44631587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B58,B76,D3
Chr6:44632089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B74,C2,C32,C68
Chr6:44632220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B86,B95,C15,C44
Chr6:44632330 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B86,B95,C15,C44
Chr6:44632527 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:44632625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr6:44633502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B139,B70,B72,D7
Chr6:44633531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:44633540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr6:44633661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:44633918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770006.1
712 aa
N
1
356
712
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_long
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
C
PF13041 PPR_2 258-303 aa PF01535 PPR 262-290 aa PF23276 TPR_24 262-344 aa PF17177 PPR_long 272-409 aa PF13812 PPR_3 318-377 aa PF12854 PPR_1 359-392 aa PF13041 PPR_2 364-411 aa PF01535 PPR 366-396 aa PF17177 PPR_long 376-491 aa PF13812 PPR_3 384-411 aa PF01535 PPR 402-431 aa PF13041 PPR_2 402-445 aa PF13812 PPR_3 421-481 aa PF17177 PPR_long 421-549 aa PF13041 PPR_2 434-481 aa PF01535 PPR 437-466 aa PF23276 TPR_24 450-558 aa PF13041 PPR_2 469-516 aa PF01535 PPR 473-502 aa PF13812 PPR_3 494-549 aa PF13041 PPR_2 506-553 aa PF01535 PPR 508-536 aa PF01535 PPR 542-572 aa PF13812 PPR_3 542-586 aa PF13041 PPR_2 542-588 aa PF13041 PPR_2 574-622 aa PF01535 PPR 578-603 aa PF13812 PPR_3 598-650 aa PF01535 PPR 612-640 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770006.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 258 303 4.7e-88 289.9 PPR repeat family
XP_057770006.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 262 290 6.8e-58 189.7 PPR repeat
XP_057770006.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 262 344 7.2e-27 94.6 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057770006.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 272 409 7.4e-29 101.4 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057770006.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 318 377 2.1e-61 204.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057770006.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 359 392 6.2e-50 167.3 PPR repeat
XP_057770006.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 364 411 4.7e-88 289.9 PPR repeat family
XP_057770006.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 366 396 6.8e-58 189.7 PPR repeat
XP_057770006.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 376 491 7.4e-29 101.4 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057770006.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 384 411 2.1e-61 204.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057770006.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 402 431 6.8e-58 189.7 PPR repeat
XP_057770006.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 402 445 4.7e-88 289.9 PPR repeat family
XP_057770006.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 421 481 2.1e-61 204.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057770006.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 421 549 7.4e-29 101.4 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057770006.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 434 481 4.7e-88 289.9 PPR repeat family
XP_057770006.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 437 466 6.8e-58 189.7 PPR repeat
XP_057770006.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 450 558 7.2e-27 94.6 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057770006.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 469 516 4.7e-88 289.9 PPR repeat family
XP_057770006.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 473 502 6.8e-58 189.7 PPR repeat
XP_057770006.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 494 549 2.1e-61 204.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057770006.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 506 553 4.7e-88 289.9 PPR repeat family
XP_057770006.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 508 536 6.8e-58 189.7 PPR repeat
XP_057770006.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 542 572 6.8e-58 189.7 PPR repeat
XP_057770006.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 542 586 2.1e-61 204.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057770006.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 542 588 4.7e-88 289.9 PPR repeat family
XP_057770006.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 574 622 4.7e-88 289.9 PPR repeat family
XP_057770006.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 578 603 6.8e-58 189.7 PPR repeat
XP_057770006.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 598 650 2.1e-61 204.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057770006.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 612 640 6.8e-58 189.7 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914023.1
AGAAAAGAAAAAAAGAGAGAGAGAGGAGGTTAAAGAGAGCAACTTACAAATCTCAGCTCAGCTTTACACACTCAAAGATGGCGGTCGCGCCCCTAAACCTCCGCCGTCAACTCTCCATCTCTTCCTCTCCTTCTTCATCTTCGTTGCACCCTTCTCACCTTCTTACCCCTCAACTCTGCAAAATCTTAAAACCGCCCCAAAATCCCAGGAAAAAATTCTCCATTTCCTCCTCCTCTTCCCCGATTTTCCTTCCCTTCCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989876
ATGGCGGTCGCGCCCCTAAACCTCCGCCGTCAACTCTCCATCTCTTCCTCTCCTTCTTCATCTTCGTTGCACCCTTCTCACCTTCTTACCCCTCAACTCTGCAAAATCTTAAAACCGCCCCAAAATCCCAGGAAAAAATTCTCCATTTCCTCCTCCTCTTCCCCGATTTTCCTTCCCTTCCTACAAACCCCATCAGTTAAGCAACCTCAAATTCCCGACCAAGATGAAGAGACCCAAGATTCCGACGACCCGCTTCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770006.1
MAVAPLNLRRQLSISSSPSSSSLHPSHLLTPQLCKILKPPQNPRKKFSISSSSSPIFLPFLQTPSVKQPQIPDQDEETQDSDDPLLKFFKTRTSKPDPPQEGRISLQKNRRTSWHLASNLDDPESEAATKSKTDNLDASSDKIAETPAEVEGGIVGEILKIARALPENVTLGEALERCDFGGKLGAEECLEVLRVLGKEGEVMSCLYFFEWIGLREPHLVTATACSALFPVLGRAGKGDELLVVFRNLPFKQNPHFRDVR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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