Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003185`

染色体: Chr06 坐标: 44752156-44753533 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003185`
名称	SmilChr06G003185
描述	methyl jasmonate esterase 1-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	44752156 - 44753533 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989896`
GeneID	`130989896`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989896`
原始查询	`SmilChr06G003185`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	methyl jasmonate esterase 1-like
产物	methyl jasmonate esterase 1-like
Arabidopsis	`AT2G23610` (MES3) methyl esterase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816893] identity=48.7; qcov=1.01; evalue=3.09e-80; confidence=high
Rice	`Os01g0934900` (PIR7A) - identity=51.1; qcov=1.01; evalue=6.92e-81; confidence=high
GO	GO:0009694 (jasmonic acid metabolic process); GO:0009696 (salicylic acid metabolic process); GO:0080030 (methyl indole-3-acetate esterase activity); GO:0080031 (methyl salicylate esterase activity); GO:0080032 (methyl jasmonate esterase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00561 (Abhydrolase_1); PF12146 (Hydrolase_4); PF12697 (Abhydrolase_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989896

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057770038.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057770038.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057770038.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770038.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770038.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:44752314`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B9,C16,D4
`Chr6:44752399`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr6:44752524`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B9,C16,D4
`Chr6:44752558`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,C80
`Chr6:44752777`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	frameshift_variant	65	A1,A10,A16,A18,A19,A20,A4,A9,B107,B117,B12,B122,B124,B126,B129,B19,B22,B26,B3,B31,B37,B38,B40,B42,B43,B44,B46,B48,B5,B54,B6,B62,B66,B68,B7,B71,B74,B75,B76,B79,B8,B85,B88,B90,B92,B93,B97,C38,C4,C42,C5,C50,C54,C63,C67,C72,C76,C79,C8,C83,C84,C87,D2,D3,D8
`Chr6:44752849`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,C18,C87,D4
`Chr6:44752850`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr6:44752856`	`AGC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	40	A11,A13,A14,A22,A3,B103,B109,B113,B115,B139,B15,B19,B23,B24,B52,B58,B60,B61,B67,B70,B78,B95,C10,C16,C29,C32,C33,C35,C41,C47,C56,C6,C64,C66,C68,C81,D1,D10,D3,D5
`Chr6:44752859`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	40	A11,A13,A14,A22,A3,B103,B109,B113,B115,B139,B15,B19,B23,B24,B52,B58,B60,B61,B67,B70,B78,B95,C10,C16,C29,C32,C33,C35,C41,C47,C56,C6,C64,C66,C68,C81,D1,D10,D3,D5
`Chr6:44752864`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B83
`Chr6:44752864`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B83
`Chr6:44752879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770038.1

259 aa

130

259

Hydrolase_4

Abhydrolase_1

Abhydrolase_6

PF12146 Hydrolase_4 6-110 aa PF00561 Abhydrolase_1 7-242 aa PF12697 Abhydrolase_6 8-246 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770038.1`	Pfam	`PF12146`	Hydrolase_4	Domain	6	110	8.1e-12	45.7	Serine aminopeptidase, S33
`XP_057770038.1`	Pfam	`PF00561`	Abhydrolase_1	Domain	7	242	5.8e-18	66.2	alpha/beta hydrolase fold
`XP_057770038.1`	Pfam	`PF12697`	Abhydrolase_6	Domain	8	246	2.4e-23	84.6	Alpha/beta hydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914055.1
ATAATATATAATCAACACATTAATGGAAGTGTGATTAATGCGATTAATTTCAACTCAATGGAAGAAGAGAGCAAGCACTTCGTGTTGGTTCACGGCGCGTGCCACGGCGCGTGGTGCTGGTACAAGGTGGCGACGAAGCTGAGAGCGGAGGGCCACCGCGTCACCGCCCTCGACATGGCGGCCTCCGGAGCCGATCCGAAGCGCGTGGAGGAGCTGAGCTCCGTCTCCGACTACTGCCGCCCCCTCATAGACTTCATGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989896
ATGGAAGAAGAGAGCAAGCACTTCGTGTTGGTTCACGGCGCGTGCCACGGCGCGTGGTGCTGGTACAAGGTGGCGACGAAGCTGAGAGCGGAGGGCCACCGCGTCACCGCCCTCGACATGGCGGCCTCCGGAGCCGATCCGAAGCGCGTGGAGGAGCTGAGCTCCGTCTCCGACTACTGCCGCCCCCTCATAGACTTCATGGCGGCTCTCCCGCCGCAGGAGACGGTGATTCTGGTGGGCCACAGCTTGGGCGGCGTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770038.1
MEEESKHFVLVHGACHGAWCWYKVATKLRAEGHRVTALDMAASGADPKRVEELSSVSDYCRPLIDFMAALPPQETVILVGHSLGGVCLSLAMENFPHKIYVAVFVTAMMPGPDLTHSALIAQYDMDSYMDSLFYFNNGNDKPPTSMMLGPKLLATQLYQHSPPEDLSLATMLMRPVGLYDESDRAKATTLSKQNYGSVRRVFVVCEQDHVLKKGFQEWMIENNPADEVKIISGADHMPMFSKTHELCAHLHDIALKYCS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器