Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003186`

染色体: Chr06 坐标: 44755592-44770623 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003186`
名称	SmilChr06G003186
描述	sugar transporter ERD6-like 6
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	44755592 - 44770623 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989897`
GeneID	`130989897`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989897`
原始查询	`SmilChr06G003186`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sugar transporter ERD6-like 6
产物	sugar transporter ERD6-like 6
Arabidopsis	`AT1G75220` (ERDL6) Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843859] identity=72.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0567800` - identity=69.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989897

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057770039.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057770039.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057770039.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770039.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770039.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:44763729`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr6:44763760`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:44766173`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B126,B135,B2,B40,C85
`Chr6:44766372`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr6:44766513`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B10,B107,B65,C12
`Chr6:44768325`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B45,C79
`Chr6:44769834`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr6:44770101`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B134,C24
`Chr6:44770127`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B3,B44,B77,C35,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770039.1

482 aa

241

482

Sugar_tr

MFS_1

PF00083 Sugar_tr 49-479 aa PF07690 MFS_1 64-428 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770039.1`	Pfam	`PF00083`	Sugar_tr	Family	49	479	1.2e-97	328.4	Sugar (and other) transporter
`XP_057770039.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	64	428	1.1e-21	77.9	Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914056.1
GAATATCAATAGTAATAATCGGTTTAAACATGAATATTTAGCTCCATGGTGAGATATTAGATGATTGCCATCTAGAAAAAATGTAGATGTGAGCATGAGGTGTGGGAGTGGCCTCATGAAATATGAAATGGAGTCGAGTCGAGTCTCGAGGTGGCTGTATCAATTTGAGCACCTCAAAATAATTCCATGAAAAAGGGAAAAAAATCCAAACAAAACCCAGAAGAAGTGAAACGTGGCGACGATCCGCCACCATAATCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989897
ATGAGCAACGAGGTGGCCGAGGATGGGCTGCGGAAGCCCCTGCTGCACACTGGCAGCTGGTACCGGATGGCGGGCCTCCGCCAGTCCAGCATGATGAGCTCCTCCGCCCAGATCCTGCGCGAATCCATCTCAGTCTTTCTCTGTGTCTTGATCGTCGCCCTCGGCCCCGTCCAATTTGGCTATACCTGCGGATATTCTAATCCTACGCAATCCGATATCATTACTGATCTTGGCCTCACTATTTCTGAGTTTTCGGTATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770039.1
MSNEVAEDGLRKPLLHTGSWYRMAGLRQSSMMSSSAQILRESISVFLCVLIVALGPVQFGYTCGYSNPTQSDIITDLGLTISEFSVFGSLANVGAMVGAIASGQIAEYMGRKGSLMIASIPNIIGWLAISFAKDSSFLFMGRLLAGFGVGIISYTVPVYIAEISPQNLRGRLGCVNQLSVTIGIMLVYVLGLFLPWRVLAVLGILPCTILIPGLFFIPESPRWLAKMGLHEDAETSLQVLRGFETDITNELNEIKKSVAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器