Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003190`

染色体: Chr06 坐标: 44803967-44807305 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003190`
名称	SmilChr06G003190
描述	protein LPA3
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	44803967 - 44807305 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989903`
GeneID	`130989903`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989903`
原始查询	`SmilChr06G003190`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein LPA3
产物	protein LPA3
Arabidopsis	`AT5G48790` (AT5G48790) LOW PSII ACCUMULATION protein (DUF1995) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834937] identity=73.9; qcov=0.895; evalue=1.27e-149; confidence=high
Rice	`Os02g0117100` - identity=26.5; qcov=0.918; evalue=8.58e-11; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF09353 (DUF1995)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989903

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057770046.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057770046.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770046.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770046.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770046.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:44804191`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,B130
`Chr6:44804392`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr6:44805463`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr6:44805634`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,C20,C87
`Chr6:44805741`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,B78,C32,C68
`Chr6:44806411`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,D11
`Chr6:44806719`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770046.1

304 aa

152

304

DUF1995

PF09353 DUF1995 56-297 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770046.1`	Pfam	`PF09353`	DUF1995	Domain	56	297	1.3e-43	150.0	Domain of unknown function (DUF1995)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914063.1
AACAAAACACAAAGGGACCGTGGCCCATCGTAGCTCCGCCACAGAACTACAAATCAATCACGCACACAAAGAGATACGAAGATACATAGATCAATCAGCTTTATATTTCAATCCCTGTCCACAACCTAAATATTATCCTCAATAAATGATGGAAAGTATAGCTCCCAACTAGAAATTCTACACTTCAAATATGCCGTTGTTAACCGTTTCTTGCTTCCCGATTCCATTCCCATATCCTTCAATACCACGAGTCATTACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989903
ATGCCGTTGTTAACCGTTTCTTGCTTCCCGATTCCATTCCCATATCCTTCAATACCACGAGTCATTACTTATGGAGGCTTTGCCTCAAGAAATGTTGCGGCTTTGGAGTTTCGTGCAGCTGCTGCGGGGAAGAGCCGCAATCCCATGGAGTTCGAAACTCCGTTTCCGAGTGATTATGATGAACTACTTAAGCAAGCTAAAGAAGCCACTGAACTGGCTCTACAGAGCAACAAGCAGCTGATGGAAATAGAATTTCCTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770046.1
MPLLTVSCFPIPFPYPSIPRVITYGGFASRNVAALEFRAAAAGKSRNPMEFETPFPSDYDELLKQAKEATELALQSNKQLMEIEFPTSGLDSVPGDGEGGIEMTGSLQLIREYCDLLISPQKTTKTRVFLPEANEVAFARKTVFGGSSLKLDYLTIPSFFQDFGIVSKVKMADRVKPDDELFLVGYPYFNVNEMLVVEELYKEAVVETSRKLIIFNGELDRIRSGYYPAFFYPKLAALTQSFFPKMETVYYIHNFKGRNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器