Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003192

染色体: Chr06 坐标: 44812978-44815384 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003192
名称SmilChr06G003192
描述NAC domain-containing protein 104-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44812978 - 44815384 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989904
GeneID130989904
locus_tag-
NCBI NameLOC130989904
原始查询SmilChr06G003192

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NAC domain-containing protein 104-like
产物NAC domain-containing protein 104-like
ArabidopsisAT5G64530 (XND1)
xylem NAC domain 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836574]
identity=44.1; qcov=1.06; evalue=3.17e-46; confidence=medium
RiceOs02g0555300 (ONAC028)
-
identity=37.9; qcov=1.1; evalue=4.08e-41; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0048731 (system development)
KEGG-
PfamPF02365 (NAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989904

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770047.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770047.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770047.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770047.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057770047.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44813746 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C61
Chr6:44813746 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 C61
Chr6:44813768 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C61
Chr6:44813768 TTC T 2bp_deletion CDS_variant 1 C61
Chr6:44814941 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 5 B126,B40,B5,B50,C85
Chr6:44814941 G GC 1bp_insertion CDS_variant 5 B126,B40,B5,B50,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770047.1
184 aa
N
1
92
184
NAM
C
PF02365 NAM 9-121 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770047.1 Pfam PF02365 NAM Family 9 121 4.3e-30 105.4 No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914064.1
GATGTTGCTTTAGAGATAAAACATGTCTACTTATCCCAAATACAACCAAAAAAGCACAACAGTTGAAGGCAATAACTTAACTTTTTTTTTTAAATTTATAGCAGCTAGCCGTCTTTGAATTCTCAGGTATAATCTATGTTGCCCTATTCCAATCATGCTTATATCCCTACCTCCTTTATTCACCTCTCTAAATTTCTCCTTATAAGTATCCCACTCTCTCTCTCTCTTACATATACAATATACAGACAACTTCCTCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989904
ATGGCAGAAGTGAAAATGGTTTTACCGCCAGGGTTTCAGTTCGATCCTACCGATGAAGAGTTGATCGTTAGCTTCCTAAATCGAAGGGCTGCAAATTTACCATGCTACCCTAACATTATCCCTGACCTTGATAGCTACACAGCTCACCCTTGGGGGCTTCATGAGAGGGCGTTTCGGAGTAAAACGGAGTGGTATTTCTTTAGTGAGTTGAAGCAAAATCGAGCTACAGAAAAAGGGTTTTGGAAGGAGACTGGATTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770047.1
MAEVKMVLPPGFQFDPTDEELIVSFLNRRAANLPCYPNIIPDLDSYTAHPWGLHERAFRSKTEWYFFSELKQNRATEKGFWKETGLSEAIFTSNGDEVGIKNFLVFCGDGVHTNWIMEEYRSTTSQTQLRGLNEWVICRVREGKLFDCEEKISCDDDGVELSYLDEVFFSMDGNDQDDEITFPT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器