当前解析结果
SmilChr06G003192| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003192 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003192 |
| 描述 | NAC domain-containing protein 104-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 44812978 - 44815384 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989904 |
|---|---|
| GeneID | 130989904 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989904 |
| 原始查询 | SmilChr06G003192 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain-containing protein 104-like |
| 产物 | NAC domain-containing protein 104-like |
| Arabidopsis | AT5G64530 (XND1)xylem NAC domain 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836574] identity=44.1; qcov=1.06; evalue=3.17e-46; confidence=medium |
| Rice | Os02g0555300 (ONAC028)- identity=37.9; qcov=1.1; evalue=4.08e-41; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0048731 (system development) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989904 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770047.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770047.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770047.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770047.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057770047.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:44813746 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C61 |
Chr6:44813746 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr6:44813768 |
TTC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C61 |
Chr6:44813768 |
TTC |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr6:44814941 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 5 | B126,B40,B5,B50,C85 |
Chr6:44814941 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 5 | B126,B40,B5,B50,C85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770047.1PF02365
NAM 9-121 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770047.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 9 | 121 | 4.3e-30 | 105.4 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。