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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003197

染色体: Chr06 坐标: 44841129-44842100 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003197
名称SmilChr06G003197
描述uncharacterized SmilChr06G003197
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44841129 - 44842100 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991029
GeneID130991029
locus_tag-
NCBI NameLOC130991029
原始查询SmilChr06G003197

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=low
产物MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G05850 (MUG7)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]
identity=26; qcov=0.749; evalue=8.96e-24; confidence=low
RiceOs12g0621300
-
identity=26.8; qcov=0.774; evalue=6.9e-20; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991029

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771214.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057771214.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771214.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771214.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771214.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44841210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:44841237 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 11 A9,B1,B140,B25,B37,B49,B83,B85,C27,C59,C78
Chr6:44841250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B119,B94,D2
Chr6:44841252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B140,B91,C43,C70
Chr6:44841297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr6:44841309 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B37,B69,C38
Chr6:44841341 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:44841372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr6:44841492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:44841494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,C49,C71,C9,D8
Chr6:44841546 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr6:44841602 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915231.1
ATGCCGTATCATGAGGAAGATGATGAAGAGGTGTTCGATGAAGATTATGAGGAAGATGAAGCAGAGTCTACATCTAAAGACGATGTGGAAGATCGTCGCAATGAGTTGCGACATTTTTCATCGGATTATCAGACTGCAAGCTATGTTGAGCATGAACGTGGCTCGCGCGATTGGGATATTCCATTTCTGCATATTGAAAGCATATTACAGTTGGGGTGGGAAGAGTATCATCCAATAGCCTACGGACTGCTCGAGGTAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991029
ATGCCGTATCATGAGGAAGATGATGAAGAGGTGTTCGATGAAGATTATGAGGAAGATGAAGCAGAGTCTACATCTAAAGACGATGTGGAAGATCGTCGCAATGAGTTGCGACATTTTTCATCGGATTATCAGACTGCAAGCTATGTTGAGCATGAACGTGGCTCGCGCGATTGGGATATTCCATTTCTGCATATTGAAAGCATATTACAGTTGGGGTGGGAAGAGTATCATCCAATAGCCTACGGACTGCTCGAGGTAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771214.1
MPYHEEDDEEVFDEDYEEDEAESTSKDDVEDRRNELRHFSSDYQTASYVEHERGSRDWDIPFLHIESILQLGWEEYHPIAYGLLEVGAIFRSKVELRIAVGIYHLEHYLEFATDRSTDSRAVYICKSGRKNCTFRLCAVEATTLWRITKLTLDHTCQADLNRATTAQSVSGEVAAYYFAKKLIDEKVVLRPKEMIAEMRSKYGVQMLYCFAVQTRQQAIERTYSDFNMSYVRLPSYLYLLKQRNPGTVYDLQTTRERVFC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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