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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003199

染色体: Chr06 坐标: 44853100-44855486 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003199
名称SmilChr06G003199
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44853100 - 44855486 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989909
GeneID130989909
locus_tag-
NCBI NameLOC130989909
原始查询SmilChr06G003199

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600
ArabidopsisAT2G13600 (SLO2)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815845]
identity=64.2; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0775400
-
identity=36.8; qcov=1.03; evalue=8.03e-161; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989909

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057770050.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770050.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770050.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770050.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770050.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44853479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B59,C48
Chr6:44853530 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C41
Chr6:44853617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B68,C8
Chr6:44853636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B59,C48
Chr6:44853694 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B86,C33,C83
Chr6:44853898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:44854151 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C41
Chr6:44854157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr6:44854452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,C48
Chr6:44854676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C41
Chr6:44854994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,C48
Chr6:44855044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770050.1
687 aa
N
1
344
687
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 57-82 aa PF01535 PPR 85-107 aa PF01535 PPR 117-145 aa PF01535 PPR 189-215 aa PF13041 PPR_2 214-262 aa PF01535 PPR 217-247 aa PF01535 PPR 290-316 aa PF01535 PPR 322-349 aa PF13812 PPR_3 343-395 aa PF13041 PPR_2 347-396 aa PF01535 PPR 350-378 aa PF01535 PPR 429-455 aa PF12854 PPR_1 452-482 aa PF13041 PPR_2 454-501 aa PF01535 PPR 457-486 aa PF01535 PPR 529-553 aa PF20431 E_motif 572-634 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770050.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 57 82 4.2e-69 224.8 PPR repeat
XP_057770050.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 85 107 4.2e-69 224.8 PPR repeat
XP_057770050.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 117 145 4.2e-69 224.8 PPR repeat
XP_057770050.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 189 215 4.2e-69 224.8 PPR repeat
XP_057770050.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 214 262 1.6e-65 217.7 PPR repeat family
XP_057770050.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 217 247 4.2e-69 224.8 PPR repeat
XP_057770050.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 290 316 4.2e-69 224.8 PPR repeat
XP_057770050.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 322 349 4.2e-69 224.8 PPR repeat
XP_057770050.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 343 395 4e-22 78.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057770050.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 347 396 1.6e-65 217.7 PPR repeat family
XP_057770050.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 350 378 4.2e-69 224.8 PPR repeat
XP_057770050.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 429 455 4.2e-69 224.8 PPR repeat
XP_057770050.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 452 482 5.2e-40 135.6 PPR repeat
XP_057770050.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 454 501 1.6e-65 217.7 PPR repeat family
XP_057770050.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 457 486 4.2e-69 224.8 PPR repeat
XP_057770050.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 529 553 4.2e-69 224.8 PPR repeat
XP_057770050.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 572 634 5.9e-24 84.8 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914067.1
CTGAGCTACGAGAGCTGCTGTTTAAAATTTTAATATATTCATTCAATATACCAATGATTGACCTTTTCATGTACGAATTCTAACAATATTGATTGTTTATGAATCACAGGTCTAGGTAGACCATTGCACACGAATGGGAAGAAATGCTCCCGTTTATACCAATAAACTCTCTCTCACTCATTCATCTTCATTTCTCGCCAAACTCTTGGAAACCTGCACAAAATCCAAGTCCTTTCGCGACGTATGCGCAACCCACGCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989909
ATGGGAAGAAATGCTCCCGTTTATACCAATAAACTCTCTCTCACTCATTCATCTTCATTTCTCGCCAAACTCTTGGAAACCTGCACAAAATCCAAGTCCTTTCGCGACGTATGCGCAACCCACGCTTGTGTTCTCAAATCCCATTTCTGGGATGAAGTCTTCATCAACAACAGGCTCATTGATGTTTACGGAAAATGTGGGTCTCTCAGTTACGCCCGCAAACTGTTTGATAAAATGCCAACGAGAAACGCCTTCAGTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770050.1
MGRNAPVYTNKLSLTHSSSFLAKLLETCTKSKSFRDVCATHACVLKSHFWDEVFINNRLIDVYGKCGSLSYARKLFDKMPTRNAFSYNSIIGALTVSGWIDEAERVFVATPQPDQCSWNLMISGFAQLEVFDRSLEHFAKMHHENFVLNEYSYGSALSACAGLRDVVMGTQIHASLAKSRFLSDVYMGSALVDMYAKCGGVDCAEKAFDGMRERNTVSWNSMITCYEQNGPALEALKVFLKMMECGVQPDEMTLASVVSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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