当前解析结果
SmilChr06G003205| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003205 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003205 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G003205 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 44878154 - 44881056 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989919 |
|---|---|
| GeneID | 130989919 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989919 |
| 原始查询 | SmilChr06G003205 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0133900; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os02g0133900; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G18245 (AT2G18245)alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816340] identity=51.48; qcov=0.78; evalue=8.4e-96; confidence=high |
| Rice | Os02g0133900- identity=55.22; qcov=0.69; evalue=3.2e-99; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05705 (DUF829) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989919 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057770070.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.80000 | XP_057770070.1 |
| 3 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.40000 | XP_057770070.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:44878690 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:44878744 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr6:44878791 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B11,B137,B92 |
Chr6:44878791 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B11,B137,B92 |
Chr6:44880080 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B138,D6 |
Chr6:44880238 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr6:44880241 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr6:44880310 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr6:44880349 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A13,C38 |
Chr6:44880610 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr6:44880612 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A13,B88 |
Chr6:44880732 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B33,B71,B91,C80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770070.1PF05705
DUF829 113-377 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770070.1 |
Pfam | PF05705 |
DUF829 | Domain | 113 | 377 | 3.9e-61 | 207.7 | Eukaryotic protein of unknown function (DUF829) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。