Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003225`

染色体: Chr06 坐标: 45000062-45001366 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003225`
名称	SmilChr06G003225
描述	2S seed storage albumin protein-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	45000062 - 45001366 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989936`
GeneID	`130989936`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989936`
原始查询	`SmilChr06G003225`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	2S seed storage albumin protein-like
产物	2S seed storage albumin protein-like
Arabidopsis	`AT4G27140` (SESA1) seed storage albumin 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828822] identity=31.8; qcov=0.985; evalue=7.71e-10; confidence=low
Rice	`-` -
GO	GO:0045735 (nutrient reservoir activity)
KEGG	-
Pfam	PF00234 (Tryp_alpha_amyl)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989936

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057770094.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057770094.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770094.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770094.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770094.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:45000062`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C13,C81
`Chr6:45000086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr6:45001124`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr6:45001127`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B122,B13,B34,C6
`Chr6:45001238`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr6:45001316`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr6:45001349`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B19,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770094.1

134 aa

134

Tryp_alpha_amyl

PF00234 Tryp_alpha_amyl 42-125 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770094.1`	Pfam	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	Domain	42	125	3e-10	40.9	Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914111.1
ATGGCCAAGTTTGCTCTGTCTCTGCTCTCTCTGCTGCTCCTCTTGGCCTCCGCCGCCGCCGTGGGCATTACGAATCCCATCGGCCGCTGCCGCGGCGAGATTGAGCGCCAGAGGCTGAGCTCTTGCCAGCAGTATCTGATAGATGGCAGCCGATTCGATTCAACGCCGCAAGAAGAGGGCCGCGGCTGGCGGGAGGCATTCCCTCGGTGCTGCGACGAGCTGGAGCAGATAAATCAGCAGTGCCGCTGCGAAGCTGTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989936
ATGGCCAAGTTTGCTCTGTCTCTGCTCTCTCTGCTGCTCCTCTTGGCCTCCGCCGCCGCCGTGGGCATTACGAATCCCATCGGCCGCTGCCGCGGCGAGATTGAGCGCCAGAGGCTGAGCTCTTGCCAGCAGTATCTGATAGATGGCAGCCGATTCGATTCAACGCCGCAAGAAGAGGGCCGCGGCTGGCGGGAGGCATTCCCTCGGTGCTGCGACGAGCTGGAGCAGATAAATCAGCAGTGCCGCTGCGAAGCTGTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770094.1
MAKFALSLLSLLLLLASAAAVGITNPIGRCRGEIERQRLSSCQQYLIDGSRFDSTPQEEGRGWREAFPRCCDELEQINQQCRCEAVKQVAMEQREAGALQGREMREMMQTAQRLPSLCRISPQYCDNIGERPMF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器