Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003227`

染色体: Chr06 坐标: 45016293-45017543 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003227`
名称	SmilChr06G003227
描述	photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	45016293 - 45017543 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989942`
GeneID	`130989942`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989942`
原始查询	`SmilChr06G003227`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic
产物	photosystem I reaction center subunit N%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G64040` (PSAN) photosystem I reaction center subunit PSI-N, chloroplast, putative / PSI-N, putative (PSAN) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836525] identity=67.2; qcov=1.08; evalue=1.09e-78; confidence=high
Rice	`Os12g0189400` (PsaN) - identity=65.8; qcov=0.924; evalue=2.51e-58; confidence=high
GO	GO:0015979 (photosynthesis); GO:0030093 (chloroplast photosystem I)
KEGG	smil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF05479 (PsaN)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989942

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057770102.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057770102.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	1.00000	`XP_057770102.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770102.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770102.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:45017135`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,C23
`Chr6:45017190`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770102.1

158 aa

158

PsaN

PF05479 PsaN 33-158 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770102.1`	Pfam	`PF05479`	PsaN	Family	33	158	1.9e-65	219.7	Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914119.1
CTCAAAATATAGAAATCCCACCACAGAAAAGTGCCAAGTAGGAGTTTATGAAATGCAGAATTTGCCAATGGGGGAGTGAGGCAATCTCACCTTATCCACACTCCATCCACTACCTTAACCCCACATCACTTGATAAACTGTAATCTCCATCACCCCATTTTCCCATCATCCCCCCAAAAAATCTCTCTAATGGCAGTCATGAATTCTGGCGTTTTGGCTTGCAACTACGCCATCTCCGGCGCCGAGCTCAGCTCGAAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989942
ATGGCAGTCATGAATTCTGGCGTTTTGGCTTGCAACTACGCCATCTCCGGCGCCGAGCTCAGCTCGAAAGTCGGCTCTCTGCCGTCCGTTGCCACCCCGGCTCAGAGACTGCCCGTCATCAGGGCTCAGCAGGCTAGTGAATCAGGAAGGAGAGCTGCCCTTTTCGGCCTCGGCGCCGCCCTCTTCACCGCCGTTGCTGCCACCTCCAACGCCAATGCCGGCGTCATCGATGACTACCTGGAGAAGAGCAAGGCTAACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770102.1
MAVMNSGVLACNYAISGAELSSKVGSLPSVATPAQRLPVIRAQQASESGRRAALFGLGAALFTAVAATSNANAGVIDDYLEKSKANKELNDKKRLATSGANFARAYTVQFGTCKFPENFTGCQDLAKQKKVPFISEDLALECEGKDKYKCGSNVFWKW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器