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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003236

染色体: Chr06 坐标: 45073365-45076022 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003236
名称SmilChr06G003236
描述BTB/POZ domain-containing protein At2g13690
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向45073365 - 45076022 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989948
GeneID130989948
locus_tag-
NCBI NameLOC130989948
原始查询SmilChr06G003236

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BTB/POZ domain-containing protein At2g13690
产物BTB/POZ domain-containing protein At2g13690
ArabidopsisAT2G13690 (AT2G13690)
PRLI-interacting factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815853]
identity=51.8; qcov=1.02; evalue=3.49e-175; confidence=high
RiceOs07g0259700
-
identity=42.4; qcov=1.02; evalue=9.94e-131; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF25553 (BTB-POZ_ANK-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989948

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770110.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057770110.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057770110.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770110.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770110.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:45073744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr6:45073844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr6:45073918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr6:45074106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B93
Chr6:45074169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:45075210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr6:45075231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr6:45075264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr6:45075324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B2,B94,C81,D5
Chr6:45075489 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr6:45075660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B51
Chr6:45075666 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770110.1
524 aa
N
1
262
524
BTB-POZ_ANK-like
C
PF25553 BTB-POZ_ANK-like 271-514 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770110.1 Pfam PF25553 BTB-POZ_ANK-like Repeat 271 514 4.6e-130 433.0 BTB/POZ Ankyrin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914127.1
GAAAGGAAAAGTGAAGAAGAGAGATTCTCCAAACTATTTCCAGCTCAGGTCTTAAATTTTTGTTCCTTCTCTGCCACTCCCCCACTGTAACTCCAATAATATTTTCTCTCTCTAAAATAAAATCATTGCATTCCCCTCTCTCTCTCTCTCTAAACCCCTCACATTCTTGATATCTCTACCGGGATTCCATTTAATTCCTTCAAATCCTCACATTCTCCTGCTTCCCACCATGAAATAAGCACTTTCGCCGCAATGCACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989948
ATGCACGACCTCAAATCCCAGCGCCGCCGCGAGCCGCCGCTCCACCGCCGCCGCTACTGGTGCTGCTCCTTCACGACCCCGCCCCTCAGCCCGGAGAACCCGGGCCTCTCGCACTCCTGCTCCGTCCGCTCTCACTCCTCCTCGTGCAGTAAAAAGACGCAATTGCCCTTCTCCAACTCCCCCCAAACCCAGAAGACCCCCCTCGCCCGTCGGATCCTCTCTCCGGGTCGGGTCTCTCCCATCTCGGAGCACCCCGTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770110.1
MHDLKSQRRREPPLHRRRYWCCSFTTPPLSPENPGLSHSCSVRSHSSSCSKKTQLPFSNSPQTQKTPLARRILSPGRVSPISEHPVVTHTTPKNHPIPKSPLPLPVPPPPPLADSAINEGNLGIYDTRLNLKGKNGGSLVLELSSEVLASNSSVFADLIADYRKNVSGLCRVEVPDVENLNVFRETIELMFEEDIQKKLVKIGVFRAIDILEVSASIKFGRCVSACLQYLEAVPWTEEEEEKLRELFNGLKVDDPKTKDI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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