当前解析结果
SmilChr06G003240| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003240 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003240 |
| 描述 | chitinase 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 45106223 - 45108970 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989953 |
|---|---|
| GeneID | 130989953 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989953 |
| 原始查询 | SmilChr06G003240 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | chitinase 1-like |
| 产物 | chitinase 1-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os10g0416800 (Oschib2)- identity=41; qcov=0.97; evalue=5.89e-54; confidence=medium |
| GO | GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00704 (Glyco_hydro_18) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989953 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057770115.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.60000 | XP_057770115.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057770115.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770115.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770115.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:45106323 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B71,C80 |
Chr6:45106455 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr6:45106488 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A2,B93,C37 |
Chr6:45106535 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B50,D11 |
Chr6:45106785 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B43 |
Chr6:45106921 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C61 |
Chr6:45106921 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr6:45106923 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr6:45106968 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A6,B57,C74 |
Chr6:45106968 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | A6,B57,C74 |
Chr6:45106975 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | C2,C32,C68 |
Chr6:45106975 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | C2,C32,C68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770115.1PF00704
Glyco_hydro_18 51-207 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770115.1 |
Pfam | PF00704 |
Glyco_hydro_18 | Domain | 51 | 207 | 3.2e-09 | 37.6 | Glycosyl hydrolases family 18 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。