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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003246

染色体: Chr06 坐标: 45150103-45152154 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003246
名称SmilChr06G003246
描述methylesterase 10-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向45150103 - 45152154 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989958
GeneID130989958
locus_tag-
NCBI NameLOC130989958
原始查询SmilChr06G003246

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述methylesterase 10-like
产物methylesterase 10-like
ArabidopsisAT3G50440 (MES10)
methylesterase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824208]
identity=48.2; qcov=0.962; evalue=1.85e-84; confidence=high
RiceOs05g0370700
-
identity=40.2; qcov=1.05; evalue=2.2e-62; confidence=medium
GOGO:0009694 (jasmonic acid metabolic process); GO:0009696 (salicylic acid metabolic process); GO:0080030 (methyl indole-3-acetate esterase activity); GO:0080031 (methyl salicylate esterase activity); GO:0080032 (methyl jasmonate esterase activity)
KEGG-
PfamPF00561 (Abhydrolase_1); PF12146 (Hydrolase_4); PF12697 (Abhydrolase_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989958

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770122.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057770122.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057770122.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770122.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770122.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:45150247 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B104
Chr6:45150247 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:45150364 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 D4
Chr6:45150364 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 D4
Chr6:45150489 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C2
Chr6:45150706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B40,C58
Chr6:45150741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,C11,C40,C69
Chr6:45150782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,D4
Chr6:45150794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C47
Chr6:45151865 GGT G 2bp_deletion frameshift_variant 160 A1,A10,A11,A15,A16,A18,A2,A21,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,B100,B102,B11,B111,B112,B113,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B13,B130,B131,B133,B136,B138,B139,B15,B16,B18,B19,B2,B20,B21,B24,B25,B26,B27,B28,B33,B36,B37,B4,B40,B41,B44,B45,B49,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B59,B6,B61,B62,B63,B64,B65,B69,B71,B72,B73,B75,B77,B78,B79,B80,B81,B84,B87,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B98,C1,C11,C13,C14,C15,C16,C19,C2,C25,C26,C28,C30,C31,C32,C33,C35,C37,C4,C40,C42,C43,C45,C46,C49,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C58,C59,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C74,C75,C76,C77,C79,C80,C81,C82,C84,C85,C86,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr6:45151868 T TGC 2bp_insertion frameshift_variant 158 A1,A10,A11,A15,A16,A18,A2,A21,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,B100,B102,B11,B111,B112,B113,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B13,B130,B131,B133,B136,B138,B139,B15,B16,B18,B19,B2,B20,B21,B24,B25,B26,B27,B28,B33,B36,B37,B4,B40,B41,B44,B45,B49,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B59,B6,B61,B63,B64,B65,B69,B71,B72,B73,B75,B77,B78,B79,B80,B81,B84,B87,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B98,C1,C11,C13,C14,C15,C16,C19,C2,C25,C26,C28,C30,C31,C32,C33,C35,C37,C4,C40,C42,C43,C45,C46,C49,C50,C51,C52,C53,C55,C56,C58,C59,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C74,C75,C76,C77,C79,C80,C81,C82,C84,C85,C86,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr6:45151869 G GCA 2bp_insertion frameshift_variant 3 B62,C49,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770122.1
263 aa
N
1
132
263
Hydrolase_4
Abhydrolase_1
Abhydrolase_6
C
PF12146 Hydrolase_4 11-132 aa PF00561 Abhydrolase_1 11-247 aa PF12697 Abhydrolase_6 12-245 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770122.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 11 132 1.7e-12 47.9 Serine aminopeptidase, S33
XP_057770122.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 11 247 7.4e-22 78.9 alpha/beta hydrolase fold
XP_057770122.1 Pfam PF12697 Abhydrolase_6 Domain 12 245 9.4e-23 82.7 Alpha/beta hydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914139.1
GCAGCAATCACACATGCTGCAGCCCCTACATTCACACACGTAACTCAGATATGTCTCGTATATATATATATCAATTAAGTTGGAAACACCTCACCTCAACCACAAAAAAAAAAAGAAGTTAAAAAGTGAGACATGAACATGATCCAGAAAGGCGAAACGAAGCACTTCGTTCTAGTTCACGGTTTCTGCCATGGAAGCTGGTGCTGGTACAAACTCGCCGCCGCGCTCGAGTCCAAGGGCTGCCGCGCCACCGCACTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989958
ATGAACATGATCCAGAAAGGCGAAACGAAGCACTTCGTTCTAGTTCACGGTTTCTGCCATGGAAGCTGGTGCTGGTACAAACTCGCCGCCGCGCTCGAGTCCAAGGGCTGCCGCGCCACCGCACTCGACCTCGCTGGCCCCGATCGGAATGATCAGCTCCACCGCGATTCGTCGTCGTTCTCCGACTACGTCCGCCCGCTCACGGATTTCCTAGCCTCCCTTCCCGGCGGCGAGAGGGTCGTGTTGGTCGGCCACAGCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770122.1
MNMIQKGETKHFVLVHGFCHGSWCWYKLAAALESKGCRATALDLAGPDRNDQLHRDSSSFSDYVRPLTDFLASLPGGERVVLVGHSYGGLAISVAMENFPAKISLAVFLTAYMPNCADPPASLIQEFFKRSSTKSFMDCEFTFDEDGVPLSAVFGPEYMATTIYRNCSAEDLEMGKKLIRPSLFFMKEMSKNGVVSEEKYGLVKRCYVICEDDDVMDEEFQRYNIEKSLPHEVISIEAAGHMPMLTKTLCLSSSLLQLSH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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