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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003254

染色体: Chr06 坐标: 45201247-45210629 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003254
名称SmilChr06G003254
描述uncharacterized SmilChr06G003254
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向45201247 - 45210629 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989963
GeneID130989963
locus_tag-
NCBI NameLOC130989963
原始查询SmilChr06G003254

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GroES-like zinc-binding alcohol dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836482]; symbol=AT5G63620; hit=AT5G63620; species=arabidopsis; confidence=high
产物GroES-like zinc-binding alcohol dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836482]; symbol=AT5G63620; hit=AT5G63620; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G63620 (AT5G63620)
GroES-like zinc-binding alcohol dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836482]
identity=66.5; qcov=0.891; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0109200
-
identity=66.8; qcov=0.933; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG-
PfamPF00107 (ADH_zinc_N); PF08240 (ADH_N); PF13602 (ADH_zinc_N_2); PF16912 (Glu_dehyd_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989963

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057770128.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057770128.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770128.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770128.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770128.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:45201411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,C37,D6
Chr6:45201435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,C56,C60,C61,C65
Chr6:45206163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B31,B77,C10,C37,D6
Chr6:45206187 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,C60,C65
Chr6:45206289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr6:45207743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C37,D6
Chr6:45207779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C41
Chr6:45207838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B24
Chr6:45207918 C CCA 2bp_insertion CDS_variant 1 C6
Chr6:45208545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr6:45208570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,D10
Chr6:45209162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770128.1
432 aa
N
1
216
432
ADH_N
Glu_dehyd_C
ADH_zinc_N
ADH_zinc_N_2
C
PF08240 ADH_N 85-221 aa PF16912 Glu_dehyd_C 241-420 aa PF00107 ADH_zinc_N 261-392 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 294-429 aa
XP_057770129.1
432 aa
N
1
216
432
ADH_N
Glu_dehyd_C
ADH_zinc_N
ADH_zinc_N_2
C
PF08240 ADH_N 85-221 aa PF16912 Glu_dehyd_C 241-420 aa PF00107 ADH_zinc_N 261-392 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 294-429 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770128.1 Pfam PF08240 ADH_N Domain 85 221 4.8e-24 85.3 Alcohol dehydrogenase GroES-like domain
XP_057770128.1 Pfam PF16912 Glu_dehyd_C Family 241 420 5.8e-09 36.4 Glucose dehydrogenase C-terminus
XP_057770128.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 261 392 1.9e-33 115.9 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057770128.1 Pfam PF13602 ADH_zinc_N_2 Domain 294 429 3.1e-17 64.4 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057770129.1 Pfam PF08240 ADH_N Domain 85 221 4.8e-24 85.3 Alcohol dehydrogenase GroES-like domain
XP_057770129.1 Pfam PF16912 Glu_dehyd_C Family 241 420 9.8e-09 35.7 Glucose dehydrogenase C-terminus
XP_057770129.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 261 392 1.9e-33 115.9 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057770129.1 Pfam PF13602 ADH_zinc_N_2 Domain 294 429 1.7e-17 65.3 Zinc-binding dehydrogenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914146.1
CGTTTTGGTACAAAATAGTAAATGCTTCACTTCTTCAGCACATAAGGTAGCTAGCTAGCTACATGATCACTTCCACTGTCACCTCACAGCAACCACTCCAATAACCCAATAATTGCGATCGCATTATTGGAATGGCGTTTTGCCGGAGCTCTCTTCTCCTGCGCAAGGCCCTCGGCGGCGGCAGCCGCCGCATGGCGGCCGCCGCCGCCGCGGGCTCTTATCATCGCCGCCCTGAAGAGTCAGGGCGGCGATGGTATTCG...
XM_057914145.1
CAATTGTGTGCGCCAAAAACGTTTTGGTACAAAATAGTAAATGCTTCACTTCTTCAGCACATAAGGTAGCTAGCTAGCTACATGATCACTTCCACTGTCACCTCACAGCAACCACTCCAATAACCCAATAATTGCGATCGCATTATTGGAATGGCGTTTTGCCGGAGCTCTCTTCTCCTGCGCAAGGCCCTCGGCGGCGGCAGCCGCCGCATGGCGGCCGCCGCCGCCGCGGGCTCTTATCATCGCCGCCCTGAAGAGTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989963
ATGGCGTTTTGCCGGAGCTCTCTTCTCCTGCGCAAGGCCCTCGGCGGCGGCAGCCGCCGCATGGCGGCCGCCGCCGCCGCGGGCTCTTATCATCGCCGCCCTGAAGAGTCAGGGCGGCGATGGTATTCGGAAGGCACGTGTTCAGCGGCCGGGTACCACGTGAACACGGTGCCTTCGTACATGACGGGATCGGTGTTTTGGGAGAAGGGGAAGCCCATCACTTATGAGGATTTTGAGATGCCACGACCCAAGGCCAATGA...
LOC130989963
ATGGCGTTTTGCCGGAGCTCTCTTCTCCTGCGCAAGGCCCTCGGCGGCGGCAGCCGCCGCATGGCGGCCGCCGCCGCCGCGGGCTCTTATCATCGCCGCCCTGAAGAGTCAGGGCGGCGATGGTATTCGGAAGGCACGTGTTCAGCGGCCGGGTACCACGTGAACACGGTGCCTTCGTACATGACGGGATCGGTGTTTTGGGAGAAGGGGAAGCCCATCACTTATGAGGATTTTGAGATGCCACGACCCAAGGCCAATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057770128.1
MAFCRSSLLLRKALGGGSRRMAAAAAAGSYHRRPEESGRRWYSEGTCSAAGYHVNTVPSYMTGSVFWEKGKPITYEDFEMPRPKANEVLIKTKACGACRSDLHVIKGDLKFPCPCTLGHEITGEVVQHGPLTDTNVIQRYPVGSKVIGAFIMPCGSCFYCSKGEDDLCEPFFSYNRAKGTLYDGETRLFLRGSGKPVSMFSMGGLAEYCVMPANGLTPLPDTLPYAESSVLGCAVFTAYGAVAHAAEVKPGNSVAVIGIG...
XP_057770129.1
MAFCRSSLLLRKALGGGSRRMAAAAAAGSYHRRPEESGRRWYSEGTCSAAGYHVNTVPSYMTGSVFWEKGKPITYEDFEMPRPKANEVLIKTKACGACRSDLHVIKGDLKFPCPCTLGHEITGEVVQHGPLTDTNVIQRYPVGSKVIGAFIMPCGSCFYCSKGEDDLCEPFFSYNRAKGTLYDGETRLFLRGSGKPVSMFSMGGLAEYCVMPANGLTPLPDTLPYAESSVLGCAVFTAYGAVAHAAEVKPGNSVAVIGIG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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