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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003259`

染色体: Chr06 坐标: 45241997-45247107 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003259`
名称	SmilChr06G003259
描述	farnesylcysteine lyase
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	45241997 - 45247107 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989973`
GeneID	`130989973`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989973`
原始查询	`SmilChr06G003259`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	farnesylcysteine lyase
产物	farnesylcysteine lyase
Arabidopsis	`AT5G63910` (FCLY) farnesylcysteine lyase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836512] identity=66.5; qcov=0.918; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0692800` - identity=42.9; qcov=0.316; evalue=1.03e-32; confidence=low
GO	GO:0001735 (prenylcysteine oxidase activity); GO:0030327 (prenylated protein catabolic process); GO:0030328 (prenylcysteine catabolic process)
KEGG	smil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01593 (Amino_oxidase); PF07156 (Prenylcys_lyase); PF13450 (NAD_binding_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989973

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057770140.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057770140.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770140.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770140.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770140.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:45242090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr6:45242204`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B74
`Chr6:45242204`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B74
`Chr6:45242222`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr6:45242225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:45243979`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,C30
`Chr6:45244157`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,C66
`Chr6:45244195`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C59
`Chr6:45246637`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B54,C13,C37
`Chr6:45246704`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr6:45246776`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A24
`Chr6:45246776`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770140.1

488 aa

244

488

NAD_binding_8

Amino_oxidase

Prenylcys_lyase

PF13450 NAD_binding_8 27-92 aa PF01593 Amino_oxidase 53-329 aa PF07156 Prenylcys_lyase 139-469 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770140.1`	Pfam	`PF13450`	NAD_binding_8	Domain	27	92	1.3e-12	48.5	NAD(P)-binding Rossmann-like domain
`XP_057770140.1`	Pfam	`PF01593`	Amino_oxidase	Domain	53	329	5.6e-16	59.6	Flavin containing amine oxidoreductase
`XP_057770140.1`	Pfam	`PF07156`	Prenylcys_lyase	Family	139	469	2.6e-101	340.0	Prenylcysteine lyase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914157.1
TGGAAGTCAACACCCCAAACAAGTCAACACCTGAACACCAAAGCCAAAGGCATGAACACAACACAGAAATCGCATGTTAATAGCATTCACCATCTTTCCAAAATACCAAAACGACGATGAATCACCAAATCACAGCCCTCCTGCTCTGCTCCATCCTTCTCTCCCACGCCCACTCCCACCCCCACACCGTCTGCATCATCGGCAGCGGCATCGGCGGCGCCTCCGTCGCCCATTTCCTCCGCCGCTACTCCCCGCCCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989973
ATGAATCACCAAATCACAGCCCTCCTGCTCTGCTCCATCCTTCTCTCCCACGCCCACTCCCACCCCCACACCGTCTGCATCATCGGCAGCGGCATCGGCGGCGCCTCCGTCGCCCATTTCCTCCGCCGCTACTCCCCGCCCCACGCCGTCTCCCAGATCGCAATCTTCGAGCGCCACGGCGTCGTCGGAGGCCGGATGGCCACTGTTACCATCGCCGGCGAGACCTTCGAGGCCGGCGCATCCATTCTCCACCCCAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770140.1
MNHQITALLLCSILLSHAHSHPHTVCIIGSGIGGASVAHFLRRYSPPHAVSQIAIFERHGVVGGRMATVTIAGETFEAGASILHPKNYHAWNYTQLLGLQAKVPKPSDDSLSLGIWDGRQFVYKTLNSNSKLPIVHRLISIANSIIMALRYGVFSLFRMSSFVEVTVNKFLRYYEGFESRPVFESVEGMLKWAGLFNLTTITLGEKLVEVGLSPILIQELVTVITRINYGQSVNMSGLAGGVSLAGSGGGLWSVEGGNWQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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