当前解析结果
SmilChr06G003262| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003262 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003262 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G003262 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 45264185 - 45268295 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989976 |
|---|---|
| GeneID | 130989976 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989976 |
| 原始查询 | SmilChr06G003262 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841340]; symbol=AT1G49170; hit=AT1G49170; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841340]; symbol=AT1G49170; hit=AT1G49170; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G49170 (AT1G49170)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841340] identity=62.4; qcov=0.969; evalue=2.57e-52; confidence=high |
| Rice | Os04g0686300- identity=71.3; qcov=0.783; evalue=1.3e-49; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02594 (PF1765-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989976 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770145.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057770145.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057770145.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770145.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770145.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:45264238 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B93,C59 |
Chr6:45264238 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,C59 |
Chr6:45264286 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B15,C10,C3,C31,C43 |
Chr6:45264345 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 38 | A1,A22,A6,A8,B103,B118,B120,B127,B132,B139,B15,B16,B17,B18,B26,B30,B44,B70,B77,B78,B8,B83,C13,C15,C16,C21,C3,C36,C47,C50,C52,C62,C63,C73,C77,C78,C79,D6 |
Chr6:45266129 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B106,B130,C25,C50,C81 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770145.1PF02594
PF1765-like 40-111 aa
XP_057770146.1PF02594
PF1765-like 40-111 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770145.1 |
Pfam | PF02594 |
PF1765-like | Domain | 40 | 111 | 6.5e-21 | 75.0 | PF1765 protein family |
XP_057770146.1 |
Pfam | PF02594 |
PF1765-like | Domain | 40 | 111 | 6.5e-21 | 75.0 | PF1765 protein family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。