Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003265`

染色体: Chr06 坐标: 45281023-45286025 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003265`
名称	SmilChr06G003265
描述	probable methyltransferase PMT26
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	45281023 - 45286025 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989977`
GeneID	`130989977`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989977`
原始查询	`SmilChr06G003265`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable methyltransferase PMT26
产物	probable methyltransferase PMT26
Arabidopsis	`AT5G64030` (AT5G64030) S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836524] identity=63.6; qcov=1.07; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0883900` - identity=61.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005768 (endosome); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0008168 (methyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF03141 (Methyltransf_29); PF08241 (Methyltransf_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989977

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057770147.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057770147.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770147.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770147.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770147.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:45281385`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr6:45281814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr6:45282153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr6:45282226`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr6:45282260`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr6:45282302`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr6:45282907`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B136
`Chr6:45282907`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B136
`Chr6:45284062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr6:45284481`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	174	A11,A13,A14,A15,A18,A19,A20,A21,A22,A3,A5,A7,A8,A9,B1,B10,B102,B103,B104,B106,B107,B108,B109,B11,B112,B113,B114,B117,B118,B120,B122,B124,B125,B126,B127,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B137,B138,B140,B15,B16,B17,B19,B20,B22,B23,B24,B25,B29,B3,B30,B31,B32,B34,B4,B40,B44,B45,B49,B5,B52,B53,B55,B56,B59,B6,B61,B62,B64,B66,B7,B70,B71,B72,B73,B75,B77,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B91,B93,B94,B95,B96,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C37,C38,C39,C4,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C56,C59,C6,C62,C63,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C73,C78,C79,C8,C80,C82,C84,C85,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770147.1

795 aa

398

795

Methyltransf_29

Methyltransf_11

PF03141 Methyltransf_29 274-778 aa PF08241 Methyltransf_11 393-487 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770147.1`	Pfam	`PF03141`	Methyltransf_29	Family	274	778	7.3e-230	764.5	Putative S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase
`XP_057770147.1`	Pfam	`PF08241`	Methyltransf_11	Domain	393	487	3e-08	34.9	Methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914164.1
CGGTGAGATAACTCCACACACCAACTGTATGACAGAATTTCACGGCAATCTTGTGGCTTTCACTTCGTCTCCTTCATTTCTCTTTCCCATCCCAAATCCATTCGCTGTAAATCCTGATTTCACACGCAAATACAATTAATACAAAAAAGGTAAAATCTATAAGGCGCAAAAAATGTACTGCGCTGCTGCAAATGCGATCTCATCTGCAGGCATCAATCGTTAAAATATACTCCACCGGCAATACGTCCATTTTTAAATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989977
ATGGCTTTAGGGAAATACTCTAGAGTTGATGCTAGGAAATCGTCATCAGGCTATTGTTCGACAGTCACAATTGTGGTTTTCGTAGCCCTGTGTCTAGTTGGGGTATGGATGATGACGTCTTCCTCTGTAGTCCCTGGTCAGACTACTGATGTTTCACAGGAGAACAAAAGTGAGGAGAGAACATCTGTAACTGAGATCAGTGCTGAGAACAAAAACGATGCCACCAACAATGAGGAGACCAACACTGACAATGTTCCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770147.1
MALGKYSRVDARKSSSGYCSTVTIVVFVALCLVGVWMMTSSSVVPGQTTDVSQENKSEERTSVTEISAENKNDATNNEETNTDNVPNDEGKQKQFEDNPGDLPEDATKGDTNANANQVEKNDVPEETEKSTEDKPEKKDDGEERGDGSKNDSEDVEKNKDEVKQDSEAGKTKENTLDNEKKPEEDSGKTDGEKEDGQTEEKVDKENSTEKKDKASEVFPSGAQSELTDESTTQNGSFSTQAAESKNEKEAQKSSGSDNQS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器