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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003275

染色体: Chr06 坐标: 45341251-45341929 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003275
名称SmilChr06G003275
描述uncharacterized SmilChr06G003275
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向45341251 - 45341929 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989986
GeneID130989986
locus_tag-
NCBI NameLOC130989986
原始查询SmilChr06G003275

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF06839 (Zn_ribbon_GRF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989986

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057770154.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057770154.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057770154.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057770154.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770154.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:45341296 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr6:45341305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr6:45341308 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr6:45341310 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B21,B59
Chr6:45341310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B59
Chr6:45341336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,C33,C46
Chr6:45341353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,C15,C39
Chr6:45341391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B65,B71,C62
Chr6:45341392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B31
Chr6:45341400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B71,C62
Chr6:45341521 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B68,B71,B76,C34,C45,C48,C53,D11
Chr6:45341531 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B83,C16,C59,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770154.1
137 aa
N
1
68
137
Zn_ribbon_GRF
C
PF06839 Zn_ribbon_GRF 19-57 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770154.1 Pfam PF06839 Zn_ribbon_GRF Domain 19 57 2.7e-09 37.7 GRF zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914171.1
TCAATCTAGGGTTCGTCAGCAAATCAGGTGGAATGCCCTCATCGTCTGCGACTTCCAGCCAATGTCACTCAGAAATGAACTCACGGAATTGCCATTGTAAAGCTCCGGTGAAAAAAGAGATCTCAAGAACTACCAAGAATCCTGGGCGCGAATTTTACTGTTGCGCTTATGGAACGTGTAATTATTTTGATTGGGTTGATTCTCAACCAAGGTCATCATCTTCTTCATTCGTACATGAGAACTGCTGTGAAAAGATCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989986
ATGCCCTCATCGTCTGCGACTTCCAGCCAATGTCACTCAGAAATGAACTCACGGAATTGCCATTGTAAAGCTCCGGTGAAAAAAGAGATCTCAAGAACTACCAAGAATCCTGGGCGCGAATTTTACTGTTGCGCTTATGGAACGTGTAATTATTTTGATTGGGTTGATTCTCAACCAAGGTCATCATCTTCTTCATTCGTACATGAGAACTGCTGTGAAAAGATCAACTTTTGGATTGGGGAATACTTCAAGATTTCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770154.1
MPSSSATSSQCHSEMNSRNCHCKAPVKKEISRTTKNPGREFYCCAYGTCNYFDWVDSQPRSSSSSFVHENCCEKINFWIGEYFKISDSNAVFLKHNHEVRVQLAILEAAKKGIERQIVVQRLVIVGLLVIVLGLMFR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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