当前解析结果
SmilChr06G003290| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003290 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003290 |
| 描述 | fatty acid amide hydrolase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 45455051 - 45463319 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990005 |
|---|---|
| GeneID | 130990005 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990005 |
| 原始查询 | SmilChr06G003290 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | fatty acid amide hydrolase-like |
| 产物 | fatty acid amide hydrolase-like |
| Arabidopsis | AT5G64440 (FAAH)fatty acid amide hydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836565] identity=42; qcov=0.993; evalue=2.66e-168; confidence=medium |
| Rice | Os11g0170000- identity=58.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0003824 (catalytic activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01425 (Amidase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990005 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057770170.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057770170.1 |
| 3 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.80000 | XP_057770170.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057770170.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770170.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:45455237 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr6:45455745 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr6:45458432 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B86 |
Chr6:45458447 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,A23,B108,B117,C40 |
Chr6:45458946 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B137,B19,B40,C13,C85 |
Chr6:45458958 |
T |
TTG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B28 |
Chr6:45458958 |
T |
TTG |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr6:45459754 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B135 |
Chr6:45460346 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B103,B70 |
Chr6:45460773 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:45461220 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,A23,B108,C40 |
Chr6:45461247 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770170.1PF01425
Amidase 166-581 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770170.1 |
Pfam | PF01425 |
Amidase | Domain | 166 | 581 | 6.1e-94 | 316.3 | Amidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。