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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003299

染色体: Chr06 坐标: 45519483-45525657 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003299
名称SmilChr06G003299
描述uncharacterized SmilChr06G003299
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向45519483 - 45525657 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990014
GeneID130990014
locus_tag-
NCBI NameLOC130990014
原始查询SmilChr06G003299

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述topoisomerase I damage affected-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830777]; symbol=AT5G08770; hit=AT5G08770; species=arabidopsis; confidence=medium
产物topoisomerase I damage affected-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830777]; symbol=AT5G08770; hit=AT5G08770; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G08770 (AT5G08770)
topoisomerase I damage affected-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830777]
identity=46.8; qcov=1.08; evalue=1.73e-49; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990014

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770190.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057770190.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770190.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770190.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770190.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:45525157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr6:45525405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914207.1
TGTACGTATAAGTTGTTTTGTATTTGCACTTGATGAGAGAGCTGGATTCCCAAAGTGGCACGAAAAAAAGGAGAAAAAGACTCAAAAAATGGGGCGCATGATCAACAATCAGCATCTCCCCAGCTCATCAGAATCTGACCTTACTTCTTGTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCAACACTAGAAGGCCATGTTACCACTAAAGCTGGTTCGCTCTCTGGTTTCCGGCGATGATGTCACGAACCCCCTTT...
XM_057914208.1
TACGTATAAGTTGTTTTGTATTTGCACTTGATGAGAGAGCTGGATTCCCAAAGTGGCACGAAAAAAAGGAGAAAAAGACTCAAAAAATGGGGCGCATGATCAACAATCAGCATCTCCCCAGCTCATCAGAATCTGACCTTACTTCTTGTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCAACACTAGAAGGCCATGTTACCACTAAAGCTGGTTCGCTCTCTGGTTTCCGGCGATGATGTCACGAACCCCCTTTTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130990014
ATGTTACCACTAAAGCTGGTTCGCTCTCTGGTTTCCGGCGATGATGTCACGAACCCCCTTTTCCTCTGCATCCACCACCACAATCTCGAACACGAGAGCGACGACAACGAGGATCCCACTCTCTCGAGAAACAAAACCCCATTGATGCTCTTCCTCCCCAATCAAGAATTGGTTAGAGACACATACAGATTGGCCTCCATTGCTAGAGCCATCGGAATGGATCTCCAACCCAACCCTTCTCTCTCCCACATCATCTTCTC...
LOC130990014
ATGTTACCACTAAAGCTGGTTCGCTCTCTGGTTTCCGGCGATGATGTCACGAACCCCCTTTTCCTCTGCATCCACCACCACAATCTCGAACACGAGAGCGACGACAACGAGGATCCCACTCTCTCGAGAAACAAAACCCCATTGATGCTCTTCCTCCCCAATCAAGAATTGGTTAGAGACACATACAGATTGGCCTCCATTGCTAGAGCCATCGGAATGGATCTCCAACCCAACCCTTCTCTCTCCCACATCATCTTCTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057770190.1
MLPLKLVRSLVSGDDVTNPLFLCIHHHNLEHESDDNEDPTLSRNKTPLMLFLPNQELVRDTYRLASIARAIGMDLQPNPSLSHIIFSWPSPPPPQSCTLSSSSTSPHSWASSSAPSSSLSYSWSLPDGSVPLPFPSFATASLSHLRLFVSLSKGYFKLAFLKNGCTPLEKIESFSNNNWHCTSLSLFAASTGERVESMDGFSRALLGKGWALFKTNCGSERDFQDSTERELYLYKKLDASRICRNGDLRECSRARELRLP...
XP_057770191.1
MLPLKLVRSLVSGDDVTNPLFLCIHHHNLEHESDDNEDPTLSRNKTPLMLFLPNQELVRDTYRLASIARAIGMDLQPNPSLSHIIFSWPSPPPPQSCTLSSSSTSPHSWASSSAPSSSLSYSWSLPDGSVPLPFPSFATASLSHLRLFVSLSKGYFKLAFLKNGCTPLEKIESFSNNNWHCTSLSLFAASTGERVESMDGFSRALLGKGWALFKTNCGSERDFQDSTERELYLYKKLDASRICRNGDLRECSRARELRLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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