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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003301

染色体: Chr06 坐标: 45543881-45549841 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003301
名称SmilChr06G003301
描述tubulin-folding cofactor C-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向45543881 - 45549841 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990018
GeneID130990018
locus_tag-
NCBI NameLOC130990018
原始查询SmilChr06G003301

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tubulin-folding cofactor C-like
产物tubulin-folding cofactor C-like
ArabidopsisAT4G39920 (POR)
C-CAP/cofactor C-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830151]
identity=52.8; qcov=1.03; evalue=2.65e-104; confidence=high
RiceOs02g0557000
-
identity=45.9; qcov=0.968; evalue=1.95e-89; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0007021 (tubulin complex assembly); GO:0007023 (post-chaperonin tubulin folding pathway); GO:0015631 (tubulin binding)
KEGG-
PfamPF07986 (TBCC); PF16752 (TBCC_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990018

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770199.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057770199.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057770199.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770199.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770199.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:45547497 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr6:45547562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr6:45547620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:45547631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C1,C49,C7
Chr6:45547650 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B42,B43,B5,C52
Chr6:45547803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B62,C49,C54
Chr6:45547842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A25
Chr6:45547856 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr6:45547883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B133
Chr6:45547888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C37,C54
Chr6:45547902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B110,B133,B29,C22
Chr6:45547948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770199.1
349 aa
N
1
174
349
TBCC_N
TBCC
C
PF16752 TBCC_N 25-131 aa PF07986 TBCC 204-320 aa
XP_057770200.1
349 aa
N
1
174
349
TBCC_N
TBCC
C
PF16752 TBCC_N 25-131 aa PF07986 TBCC 204-320 aa
XP_057770201.1
349 aa
N
1
174
349
TBCC_N
TBCC
C
PF16752 TBCC_N 25-131 aa PF07986 TBCC 204-320 aa
XP_057770202.1
349 aa
N
1
174
349
TBCC_N
TBCC
C
PF16752 TBCC_N 25-131 aa PF07986 TBCC 204-320 aa
XP_057770203.1
349 aa
N
1
174
349
TBCC_N
TBCC
C
PF16752 TBCC_N 25-131 aa PF07986 TBCC 204-320 aa
XP_057770204.1
349 aa
N
1
174
349
TBCC_N
TBCC
C
PF16752 TBCC_N 25-131 aa PF07986 TBCC 204-320 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770199.1 Pfam PF16752 TBCC_N Domain 25 131 8.8e-23 81.5 Tubulin-specific chaperone C N-terminal domain
XP_057770199.1 Pfam PF07986 TBCC Domain 204 320 2.5e-37 128.1 Tubulin binding cofactor C
XP_057770200.1 Pfam PF16752 TBCC_N Domain 25 131 8.8e-23 81.5 Tubulin-specific chaperone C N-terminal domain
XP_057770200.1 Pfam PF07986 TBCC Domain 204 320 2.5e-37 128.1 Tubulin binding cofactor C
XP_057770201.1 Pfam PF16752 TBCC_N Domain 25 131 8.8e-23 81.5 Tubulin-specific chaperone C N-terminal domain
XP_057770201.1 Pfam PF07986 TBCC Domain 204 320 2.5e-37 128.1 Tubulin binding cofactor C
XP_057770202.1 Pfam PF16752 TBCC_N Domain 25 131 8.8e-23 81.5 Tubulin-specific chaperone C N-terminal domain
XP_057770202.1 Pfam PF07986 TBCC Domain 204 320 2.5e-37 128.1 Tubulin binding cofactor C
XP_057770203.1 Pfam PF16752 TBCC_N Domain 25 131 8.8e-23 81.5 Tubulin-specific chaperone C N-terminal domain
XP_057770203.1 Pfam PF07986 TBCC Domain 204 320 2.5e-37 128.1 Tubulin binding cofactor C
XP_057770204.1 Pfam PF16752 TBCC_N Domain 25 131 8.8e-23 81.5 Tubulin-specific chaperone C N-terminal domain
XP_057770204.1 Pfam PF07986 TBCC Domain 204 320 2.5e-37 128.1 Tubulin binding cofactor C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914219.1
CGCTTCACACTCACAACTCACAAGAAAGGTTTCAATCTCTCTGAGCACCAAAACTCGCCCTCTCTCTAATCTCTCTCAAACCTTACTGAATCCGGCCCTCTCTCAAAACCTCGCCGCCACGGCTCCTCCTCCGGCGACGAACGCCGCCAGCCACTCCTCTCCCGACTCCCTCGACTCTATTTCACTCAAGGTCGGCCACACACACACGGACCAACACACGCCGCCCCTCACCCGACTCCCTTCATCTTCTCCCTCATCTC...
XM_057914218.1
CGCTTCACACTCACAACTCACAAGAAAGGTTTCAATCTCTCTGAGCACCAAAACTCGCCCTCTCTCTAATCTCTCTCAAACCTTACTGAATCCGGCCCTCTCTCAAAACCTCGCCGCCACGGCTCCTCCTCCGGCGACGAACGCCGCCAGCCACTCCTCTCCCGACTCCCTCGACTCTATTTCACTCAAGGTCGGCCACACACACACGGACCAACACACGCCGCCCCTCACCCGACTCCCTTCATCTTCTCCCTCATCTC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130990018
ATGGAAGACAAAAAACAATCGTCGTATGATTCCAGCGCCGTTGCTCTTGAGCAGAAGCACGCGGCGATGCTGGAGCGTCTCGCCAACCGCCAACAGTCCCGCGCCACCGCAAAGCCTGAGCCTAACTCATCCGGATCCACAAAATCGTTCCTGTCTCAGTTCTCGCAATCAAAGCTCTCAATCGAAGCCCAAATCTCCCGGATCCAAACACAGCCGGACCTGCCTAAAAAAACCGACCTGGAGGCGATCTCCCTCGAAAT...
LOC130990018
ATGGAAGACAAAAAACAATCGTCGTATGATTCCAGCGCCGTTGCTCTTGAGCAGAAGCACGCGGCGATGCTGGAGCGTCTCGCCAACCGCCAACAGTCCCGCGCCACCGCAAAGCCTGAGCCTAACTCATCCGGATCCACAAAATCGTTCCTGTCTCAGTTCTCGCAATCAAAGCTCTCAATCGAAGCCCAAATCTCCCGGATCCAAACACAGCCGGACCTGCCTAAAAAAACCGACCTGGAGGCGATCTCCCTCGAAAT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057770199.1
MEDKKQSSYDSSAVALEQKHAAMLERLANRQQSRATAKPEPNSSGSTKSFLSQFSQSKLSIEAQISRIQTQPDLPKKTDLEAISLEISALEKLVAENSYLLPPYEVRNSLSAITYLRQTLDDASAAVAPKKKFAFKNKSSKKSAAPAPDQKNEVVSEPESSKINAGFGEVGFRDLSAAPGFRNKDKEVLVKEFKRGELDARNGEFTLSNLRDCEVRLKGCLRAVFVDNVVKCKVYVGVVMGSVLIEGAEGCLFVLASHQI...
XP_057770200.1
MEDKKQSSYDSSAVALEQKHAAMLERLANRQQSRATAKPEPNSSGSTKSFLSQFSQSKLSIEAQISRIQTQPDLPKKTDLEAISLEISALEKLVAENSYLLPPYEVRNSLSAITYLRQTLDDASAAVAPKKKFAFKNKSSKKSAAPAPDQKNEVVSEPESSKINAGFGEVGFRDLSAAPGFRNKDKEVLVKEFKRGELDARNGEFTLSNLRDCEVRLKGCLRAVFVDNVVKCKVYVGVVMGSVLIEGAEGCLFVLASHQI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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