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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000010

染色体: Chr07 坐标: 41247-46652 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000010
名称SmilChr07G000010
描述protein NLP9-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向41247 - 46652 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991200
GeneID130991200
locus_tag-
NCBI NameLOC130991200
原始查询SmilChr07G000010

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NLP9-like
产物protein NLP9-like
ArabidopsisAT3G59580 (AT3G59580)
Plant regulator RWP-RK family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825127]
identity=44.9; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
RiceOs01g0236700 (NLP3)
-
identity=36.7; qcov=0.666; evalue=7.87e-107; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00564 (PB1); PF02042 (RWP-RK); PF22922 (GAF_NLP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991200

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771278.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771278.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771278.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771278.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771278.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:42623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:43077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B44
Chr7:43104 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B99
Chr7:43104 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B99
Chr7:43147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr7:43253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,C19,C36,C5
Chr7:43265 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B84,B86,C18
Chr7:43358 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr7:43575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:44276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,D11
Chr7:44341 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B110,B52,B86
Chr7:44341 C CT 1bp_insertion CDS_variant 3 B110,B52,B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771278.1
891 aa
N
1
446
891
GAF_NLP
RWP-RK
PB1
C
PF22922 GAF_NLP 302-474 aa PF02042 RWP-RK 540-609 aa PF00564 PB1 803-882 aa
XP_057771279.1
891 aa
N
1
446
891
GAF_NLP
RWP-RK
PB1
C
PF22922 GAF_NLP 302-474 aa PF02042 RWP-RK 540-609 aa PF00564 PB1 803-882 aa
XP_057771280.1
891 aa
N
1
446
891
GAF_NLP
RWP-RK
PB1
C
PF22922 GAF_NLP 302-474 aa PF02042 RWP-RK 540-609 aa PF00564 PB1 803-882 aa
XP_057771282.1
876 aa
N
1
438
876
GAF_NLP
RWP-RK
PB1
C
PF22922 GAF_NLP 287-459 aa PF02042 RWP-RK 525-594 aa PF00564 PB1 788-867 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771278.1 Pfam PF22922 GAF_NLP Domain 302 474 5.4e-69 231.9 NLP protein GAF domain
XP_057771278.1 Pfam PF02042 RWP-RK Domain 540 609 2.2e-26 92.5 RWP-RK domain
XP_057771278.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 803 882 2e-17 63.6 PB1 domain
XP_057771279.1 Pfam PF22922 GAF_NLP Domain 302 474 5.4e-69 231.9 NLP protein GAF domain
XP_057771279.1 Pfam PF02042 RWP-RK Domain 540 609 2.2e-26 92.5 RWP-RK domain
XP_057771279.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 803 882 2e-17 63.6 PB1 domain
XP_057771280.1 Pfam PF22922 GAF_NLP Domain 302 474 5.4e-69 231.9 NLP protein GAF domain
XP_057771280.1 Pfam PF02042 RWP-RK Domain 540 609 2.2e-26 92.5 RWP-RK domain
XP_057771280.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 803 882 2e-17 63.6 PB1 domain
XP_057771282.1 Pfam PF22922 GAF_NLP Domain 287 459 5.1e-69 231.9 NLP protein GAF domain
XP_057771282.1 Pfam PF02042 RWP-RK Domain 525 594 2.1e-26 92.6 RWP-RK domain
XP_057771282.1 Pfam PF00564 PB1 Domain 788 867 1.9e-17 63.7 PB1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915297.1
GAAAGGGAGAAATAATAGCAAGTTTAATCTTGGTAGTTGGAGTATTGATAAAATGATGGCAGAGGTTAAAACGAGGATGTGGACTTGGAAGTTGGCGTTCAACCTGGCGATTACAACTTCCGATTTTAGAAGTTGGTTTGGAGCCGTGAAGCTTCATGGTTAATCAAGAATCTCTGTATTTTGATTGATTAACACTTCTGTCGTTATTGCCTTATGTTTAATTCTTCAGCTTCACCCCAAAATCTTGTCACTTCCGAGAT...
XM_057915295.1
TTCCATTTCCAAGAATCGAGGAAAGATCGAGTCATTGCTTTTTGATAGTGACAACCATTCTGACTTTATGAACTCGATTTTTATATGCAAAAAAATCTCGAATAAAATAATTAAAGTTTGGTTTTTTTAGTTCCTACTCGAAATTATTCATTCCAACCCCAAATCAAACATGCGATCTTCTCTCTCATCCAAAGCTACGCTGGTATGATTCTCGGAGCGAGAACAGCTAGAGCGAGAATCTCTCTTATGGTCGCACGCCC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130991200
ATGTTTAATTCTTCAGCTTCACCCCAAAATCTTGTCACTTCCGAGATGGAGGGTACTGTTGCATCGGATTCCAAGTATTCCCCGAGCTGCTTCGTAGAGCTGATGAACTACGAGGAACACGATGAATGGTCAATCAGCCTTAGTAACTTATCAGATCAGATGTTTCCCTCAGCAAATTTGTCACCCTTAGATGAAGTGGACTCTATGGAAGATTATATCTCAAGAAGCCGCGAACTGAGCTATGAGGACAGGGTGTCGTT...
LOC130991200
ATGTTTAATTCTTCAGCTTCACCCCAAAATCTTGTCACTTCCGAGATGGAGGGTACTGTTGCATCGGATTCCAAGTATTCCCCGAGCTGCTTCGTAGAGCTGATGAACTACGAGGAACACGATGAATGGTCAATCAGCCTTAGTAACTTATCAGATCAGATGTTTCCCTCAGCAAATTTGTCACCCTTAGATGAAGTGGACTCTATGGAAGATTATATCTCAAGAAGCCGCGAACTGAGCTATGAGGACAGGGTGTCGTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057771278.1
MFNSSASPQNLVTSEMEGTVASDSKYSPSCFVELMNYEEHDEWSISLSNLSDQMFPSANLSPLDEVDSMEDYISRSRELSYEDRVSFEGGMMALQEMDVDGIGDLDGKMYKCSEKRNTTDVERSVIPRPLRPSLDEKMSKALHLCIRSFGGGALAQVWVPMRNGDEYVLSTSGQPFLHDGPLSEYREISRLFSFAAEPGTSSLLSLPGRVFTSKAPEWTSNLMYYSKAEYLRVQHAIDHDVRGSIALPVFEENLDERSCC...
XP_057771279.1
MFNSSASPQNLVTSEMEGTVASDSKYSPSCFVELMNYEEHDEWSISLSNLSDQMFPSANLSPLDEVDSMEDYISRSRELSYEDRVSFEGGMMALQEMDVDGIGDLDGKMYKCSEKRNTTDVERSVIPRPLRPSLDEKMSKALHLCIRSFGGGALAQVWVPMRNGDEYVLSTSGQPFLHDGPLSEYREISRLFSFAAEPGTSSLLSLPGRVFTSKAPEWTSNLMYYSKAEYLRVQHAIDHDVRGSIALPVFEENLDERSCC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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