当前解析结果
SmilChr07G000013| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000013 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000013 |
| 描述 | stress-response A/B barrel domain-containing protein HS1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 72310 - 74083 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991203 |
|---|---|
| GeneID | 130991203 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991203 |
| 原始查询 | SmilChr07G000013 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | stress-response A/B barrel domain-containing protein HS1-like |
| 产物 | stress-response A/B barrel domain-containing protein HS1-like |
| Arabidopsis | AT3G17210 (HS1)heat stable protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820980] identity=50.5; qcov=0.991; evalue=1.07e-32; confidence=medium |
| Rice | Os01g0516600 (B1108H10.11-1)- identity=46.4; qcov=0.898; evalue=4.11e-29; confidence=medium |
| GO | GO:0009865 (pollen tube adhesion) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07876 (Dabb) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991203 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057771287.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057771287.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057771287.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771287.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771287.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:72462 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:73723 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,D11,D9 |
Chr7:73737 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A15,B12,C28 |
Chr7:73758 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C82 |
Chr7:73758 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr7:73832 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B122,B40,B44,C83 |
Chr7:73833 |
TGA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A24,B35,C66 |
Chr7:73833 |
TGA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | A24,B35,C66 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771287.1PF07876
Dabb 8-103 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771287.1 |
Pfam | PF07876 |
Dabb | Domain | 8 | 103 | 1.1e-21 | 78.0 | Stress responsive A/B Barrel Domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。