Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000026

染色体: Chr07 坐标: 116617-119234 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000026
名称SmilChr07G000026
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL9
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向116617 - 119234 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991217
GeneID130991217
locus_tag-
NCBI NameLOC130991217
原始查询SmilChr07G000026

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL9
产物probable serine/threonine-protein kinase PBL9
ArabidopsisAT2G28930 (PK1B)
protein kinase 1B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817442]
identity=56; qcov=0.784; evalue=7.52e-132; confidence=high
RiceOs03g0274800 (OsRLCK107)
-
identity=51.4; qcov=0.94; evalue=5.08e-132; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991217

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057771303.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057771303.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771303.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771303.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771303.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:116953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr7:116967 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B35,B50,B94,C52
Chr7:117062 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B35
Chr7:117062 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 B35
Chr7:117067 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 50 A1,A10,A11,A13,A14,A18,A5,B110,B112,B114,B115,B117,B126,B17,B27,B30,B34,B37,B41,B45,B51,B57,B59,B61,B64,B68,B69,B72,B90,B91,B92,C10,C14,C17,C18,C19,C22,C25,C34,C35,C37,C38,C39,C42,C45,C57,C79,C83,C86,D7
Chr7:117069 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 50 A1,A10,A11,A13,A14,A18,A5,B110,B112,B114,B115,B117,B126,B17,B27,B30,B34,B37,B41,B45,B51,B57,B59,B61,B64,B68,B69,B72,B90,B91,B92,C10,C14,C17,C18,C19,C22,C25,C34,C35,C37,C38,C39,C42,C45,C57,C79,C83,C86,D7
Chr7:117100 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B12,C82
Chr7:117100 AT A 1bp_deletion CDS_variant 2 B12,C82
Chr7:117111 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 3 B23,B78,C58
Chr7:117111 C CAG 2bp_insertion CDS_variant 3 B23,B78,C58
Chr7:117112 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 3 B23,B78,C58
Chr7:117112 CCG C 2bp_deletion CDS_variant 3 B23,B78,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771303.1
385 aa
N
1
192
385
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 107-380 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 108-382 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771303.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 107 380 1.5e-37 130.2 Protein kinase domain
XP_057771303.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 108 382 5.9e-41 141.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915320.1
GAGAAGTTTGCATTTTCCAAAAATGAGAGGCTACTCAATTATTTTCCACTGAATTAAACTACCTTTTTCTTTGATAGATATTTTTACACAATGTCGAGAATCTATGATAGCTGGGAGAAGTTGGTGAGGGCAGTTTTGAGGAGAGAGGAAGACCGCCAAATTGCACTTCGTCCAAGCTTCAGCAGCTCAAGTTCAGCTGGTGTCAGCTCATGTTCTAGTTTCGATTCGACTTTCTTTTTTAATCCTTCCTTCTTCGGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991217
ATGTCGAGAATCTATGATAGCTGGGAGAAGTTGGTGAGGGCAGTTTTGAGGAGAGAGGAAGACCGCCAAATTGCACTTCGTCCAAGCTTCAGCAGCTCAAGTTCAGCTGGTGTCAGCTCATGTTCTAGTTTCGATTCGACTTTCTTTTTTAATCCTTCCTTCTTCGGAGATGTTCATGCGCCTTCTGCCTGTAGAATTTCGGGCGAGAAGCTTGATCCTGCAGATCTTTCTAGTCAGGACACTTTCTTCTTCCGCAATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771303.1
MSRIYDSWEKLVRAVLRREEDRQIALRPSFSSSSSAGVSSCSSFDSTFFFNPSFFGDVHAPSACRISGEKLDPADLSSQDTFFFRNVRAIEYEEIRKATKNFRADLLVGQGGFGCVYKGWIDEHNLTAVKPGSGIAVAIKKMNHQELQGHKEWVDEIHYLSQLHHPNLVKLIGYSCNIDERIVVYEFMPKGSLDNHLFTRGYLFLPWATRTKVAIGAARALAFLHDLEIPVIHRGTKSGDILLDGDFNAKLSDFGIARDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器