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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000045

染色体: Chr07 坐标: 190454-192779 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000045
名称SmilChr07G000045
描述endochitinase A-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向190454 - 192779 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991232
GeneID130991232
locus_tag-
NCBI NameLOC130991232
原始查询SmilChr07G000045

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述endochitinase A-like
产物endochitinase A-like
ArabidopsisAT3G54420 (EP3)
homolog of carrot EP3-3 chitinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824608]
identity=50.5; qcov=1.01; evalue=4.98e-91; confidence=high
RiceOs02g0605900 (Cht6)
-
identity=54.2; qcov=0.926; evalue=9.6e-97; confidence=high
GOGO:0004568 (chitinase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0006032 (chitin catabolic process); GO:0008061 (chitin binding); GO:0016998 (cell wall macromolecule catabolic process)
KEGGsmil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00182 (Glyco_hydro_19)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057771323.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057771323.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057771323.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771323.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771323.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:190604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr7:190619 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B28,C63,C84
Chr7:190619 AC A 1bp_deletion CDS_variant 3 B28,C63,C84
Chr7:190622 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B28,C63,C84
Chr7:190622 GC G 1bp_deletion CDS_variant 3 B28,C63,C84
Chr7:190669 GGA G 2bp_deletion frameshift_variant 2 B23,C58
Chr7:190669 GGA G 2bp_deletion CDS_variant 2 B23,C58
Chr7:190707 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,D11
Chr7:190845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr7:190863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B16,B75,B9,B93
Chr7:190966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr7:192128 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 5 B136,B57,B78,C20,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771323.1
269 aa
N
1
134
269
Glyco_hydro_19
C
PF00182 Glyco_hydro_19 67-214 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771323.1 Pfam PF00182 Glyco_hydro_19 Domain 67 214 5.4e-48 164.5 Chitinase class I

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915340.1
TCAATTAAAACCAATCAAACTAAACTAAAATGCCGTGAAGAACTATCGTTGCTCCCGGGTATCCACATTCACCATACTAAGAGAGAACAAAATGATGTTGTTTATTGCTTAGCAAAAGTTGCGAGAGATATTTCTACACATCATATTTGGAATGAACCTCCGTCGTTTGTGGTGAGTCATCTCGATGTACCATCATGTATTCAATAATATATCCAATCCTTTCCCTAAAAAAATAAAAATAATAATACAACATATTTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991232
ATGAAAAATTCCGCCACTTTGTTCACCCTTGTCTGCCTACTTCTGGCCGGCGGCGAAGTCGTCTCCGGGCAGAAGTGCGGCTGCAAGCGGGGCGAGTGCTGCAGCAAATTCGGGTTCTGCGGCAACGACAACGCCCACTGCGGCGGCAACTGCTGGGCGGGGCCGTGCAAGGGGCGCAACAGAGTGAAAGTCGGAGATATTGTGAGTGATGCCTTCTTCAATGGGATCGTAGCCAGTCAGGGCCGCCGCGGCTGCCCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771323.1
MKNSATLFTLVCLLLAGGEVVSGQKCGCKRGECCSKFGFCGNDNAHCGGNCWAGPCKGRNRVKVGDIVSDAFFNGIVASQGRRGCPGKGFYSRPRFLLAMAAYPTFATIGSADDSKREVAAFFAHVAHETGRLCFIEEKGGQSNSKTYCDPTNAQWPCAANKHYYGRGPLKLTWNYNYGAAGRAIGFNILRNPELVAANALISIKASIWFWMENCHAPFISGKGFGATIRAINSVECNGKSPTQVSSRVEYYKEYCKQFR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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