Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000049`

染色体: Chr07 坐标: 205674-207600 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000049`
名称	SmilChr07G000049
描述	low affinity inorganic phosphate transporter 1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	205674 - 207600 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991238`
GeneID	`130991238`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991238`
原始查询	`SmilChr07G000049`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	low affinity inorganic phosphate transporter 1-like
产物	low affinity inorganic phosphate transporter 1-like
Arabidopsis	`AT3G54700` (PHT1;7) phosphate transporter 1;7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824635] identity=80.3; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0186400` (PT4) - identity=74; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005315 (phosphate transmembrane transporter activity); GO:0006817 (phosphate ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991238

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057771330.1`
2	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057771330.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771330.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771330.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771330.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:205894`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr7:205918`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr7:205930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C16,C63,C84
`Chr7:206009`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B106,C6
`Chr7:206018`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr7:206188`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,B82,D10
`Chr7:206272`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C45
`Chr7:206272`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C45
`Chr7:206407`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B113,B37,C14
`Chr7:206410`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr7:206439`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr7:206452`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771330.1

527 aa

264

527

Sugar_tr

MFS_1

PF00083 Sugar_tr 26-511 aa PF07690 MFS_1 65-453 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771330.1`	Pfam	`PF00083`	Sugar_tr	Family	26	511	2.7e-46	159.1	Sugar (and other) transporter
`XP_057771330.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	65	453	8.3e-22	78.3	Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915347.1
TAAAAATTTCGGCCATTTAATATTCAAACCTCAGACTAACGACATGCTTATTCATAAAAATTATTGATCTGTTCACGTCTTCTCAATTTCGCAAAAATATGTACTCTCTCGACTGATCTTTTCTCTCTATATATATATATCTCGAGGCATAGATTAATAAATTGTCAAAAATTAACAAAAACCCTTAAAAAAATAATGGCTAGACAACAAATGCAGGTGCTTACCGCACTCGATTCAGCCAAAACGCAATGGTACCATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991238
ATGGCTAGACAACAAATGCAGGTGCTTACCGCACTCGATTCAGCCAAAACGCAATGGTACCATTTCACCGCAATAGTGATAGCCGGAATGGGGTTCTTCACTGACGCCTACGACCTCTTCTGCATCTCTCTCGTCACCAAGCTCCTCGGCCGCATATACTACCACCGCGACGGCGCCGCCAACCCCGGCACGCTTCCCCCGAACGTCTCCTCCGCCGTCAACGGCGTCGCCTTCTGCGGCACGCTGGCGGGGCAGCTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771330.1
MARQQMQVLTALDSAKTQWYHFTAIVIAGMGFFTDAYDLFCISLVTKLLGRIYYHRDGAANPGTLPPNVSSAVNGVAFCGTLAGQLFFGWLGDKLGRKRVYGMTLMLMIISSAASGLSFGATPKAVMATLCFSRFWLGFGIGGDYPLSATIMSEYANKKTRGAFVAAVFAMQGFGILTGGMVAIAVAAAFEAAFPAPAYEHGGGASTAPEADYAWRVILMFGALPAALTYYWRAKMPETARYTALVARNAKRAAADMSKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器