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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000050

染色体: Chr07 坐标: 209201-212035 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000050
名称SmilChr07G000050
描述probable inorganic phosphate transporter 1-7
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向209201 - 212035 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991239
GeneID130991239
locus_tag-
NCBI NameLOC130991239
原始查询SmilChr07G000050

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inorganic phosphate transporter 1-7
产物probable inorganic phosphate transporter 1-7
ArabidopsisAT3G54700 (PHT1;7)
phosphate transporter 1;7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824635]
identity=79.7; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0186400 (PT4)
-
identity=71.5; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005315 (phosphate transmembrane transporter activity); GO:0006817 (phosphate ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991239

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057771331.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057771331.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771331.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771331.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771331.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:209567 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:209575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr7:209650 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B106,B121,B36,C19
Chr7:209686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:209884 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B81,C79
Chr7:209935 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr7:209944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:210097 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,A7,B61,C30,C31
Chr7:210235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr7:210268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:210400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr7:210462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B122,B33,B74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771331.1
526 aa
N
1
263
526
Sugar_tr
MFS_1
C
PF00083 Sugar_tr 26-514 aa PF07690 MFS_1 44-455 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771331.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 26 514 7.4e-49 167.5 Sugar (and other) transporter
XP_057771331.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 44 455 1.7e-24 87.2 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915348.1
AGTTGACCTGATTAGGGTATATGCCATTAGATGCCGGAGATTATTCTTGTTGATTATTGTTAATTATTTCAACTGATTTAGGCAGCTCACTGTTATATATTATCGCCATTCTTCATCAAATCCAGCACCCATCCTTCAACTCATTCTCTCCTCCATCGATCATCTCCTTCCAGTGGCACGTAAATTCGGTATATTGGAAGAGAGGGAAGTGAAAAAATTGAGGTGCAATGGCTAGAGAGCAATTACAAGTGCTTAACGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991239
ATGGCTAGAGAGCAATTACAAGTGCTTAACGCACTCGATGTCGCCAAAACCCAACTCTACCATTTCACGGCAATTGTGGTCGCCGGAATGGGGTTTTTCACCGACGCCTACGATCTCTTCAGCATCTCCCTCATCGCCAAGCTGCTCGGCCGCATCTACTACACGGTGCCCGGCGCCCTGAAACCCGGCACGCTCCCCCCGACCGTCTCCTCCTCCGTCACCGGCGTCGCCCTCGTCGGCACCCTCTCCGGCCAGCTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771331.1
MAREQLQVLNALDVAKTQLYHFTAIVVAGMGFFTDAYDLFSISLIAKLLGRIYYTVPGALKPGTLPPTVSSSVTGVALVGTLSGQLFFGWLGDKMGRKKVYGMTLLIMIVCSIASGLSFGNSPKGVMTTLCFFRFWLGFGIGGDYPLSATIMAEYANKKTRGAFVAAVFAMQGFGILFGGIISLIVSAAFDHAYKSPTYEQDAAASTPPQADYVWRIILMFGALPAALTFYWRMKMPETARYTALVAKNAKQAAQDMGRV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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