Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000071`

染色体: Chr07 坐标: 331912-333892 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000071`
名称	SmilChr07G000071
描述	uncharacterized SmilChr07G000071
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	331912 - 333892 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991263`
GeneID	`130991263`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991263`
原始查询	`SmilChr07G000071`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0181100; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os04g0181100; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G14420` (AT4G14420) HR-like lesion-inducing protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827087] identity=65.8; qcov=1.01; evalue=5.13e-61; confidence=high
Rice	`Os04g0181100` - identity=57.3; qcov=1; evalue=5.86e-67; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05514 (HR_lesion)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991263

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057771354.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057771354.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057771354.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771354.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771354.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:332388`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55
`Chr7:333691`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771354.1

157 aa

157

HR_lesion

PF05514 HR_lesion 1-138 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771354.1`	Pfam	`PF05514`	HR_lesion	Domain	1	138	5e-57	192.6	HR-like lesion-inducing

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915371.1
AATTTTTTAAAGGTATAAATGCAAGTCCATTTTGCTCTAAAGCATCTCAAAGGATACTGCACTCTCTCGCCTCCCTCGTTTGAATCTCTGTCGTTGAATCCTCAAATCTAGACAGAGAAATCGAACTCAATTTCAGAGAGATAGAGAGGTATCTCCACTTCTGAAGCTGTTCCTCACTGCAATGGCGTTCATATCTTTCATCGGAAGACTGCTTTTCGTCTCTCTCTTCGTTCTCTCCGCCTATCAAGAGTTCACTGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991263
ATGGCGTTCATATCTTTCATCGGAAGACTGCTTTTCGTCTCTCTCTTCGTTCTCTCCGCCTATCAAGAGTTCACTGAATTTGGAGTTGATGGTGGGCCTGCTGCAAAGAGTTTGAGGTTGAAATATGACGTTTTCTCCAATCATGTTACAACCCAAACTGGAATTCAAATTCCTCATGTAGATATGAAACATTTGATATTGGGAGCCATCATCATGAAATCTATCGGAAGCCTCCTATTTGTCTTTGACAGCACTTTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771354.1
MAFISFIGRLLFVSLFVLSAYQEFTEFGVDGGPAAKSLRLKYDVFSNHVTTQTGIQIPHVDMKHLILGAIIMKSIGSLLFVFDSTFGAVILLLHQAIATPILFDFYNYEPDKKEFNQLFVKFTQGLALLGALLFFIGMKNSLPRRSPKKKATKAKTN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器