当前解析结果
SmilChr07G000072| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000072 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000072 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G000072 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 335274 - 337912 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991265 |
|---|---|
| GeneID | 130991265 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991265 |
| 原始查询 | SmilChr07G000072 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | HR-like lesion-inducing protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839547]; symbol=AT1G04340; hit=AT1G04340; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | HR-like lesion-inducing protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839547]; symbol=AT1G04340; hit=AT1G04340; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G04340 (AT1G04340)HR-like lesion-inducing protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839547] identity=57.2; qcov=0.772; evalue=6.9e-57; confidence=high |
| Rice | Os04g0181100- identity=53.2; qcov=0.757; evalue=1.18e-53; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05514 (HR_lesion) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991265 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057771355.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057771355.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771355.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771355.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771355.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:335306 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A2,B130,B93 |
Chr7:335400 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771355.1PF05514
HR_lesion 50-187 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771355.1 |
Pfam | PF05514 |
HR_lesion | Domain | 50 | 187 | 2.6e-51 | 174.1 | HR-like lesion-inducing |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。