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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000080

染色体: Chr07 坐标: 390395-391235 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000080
名称SmilChr07G000080
描述transcriptional regulator SUPERMAN-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向390395 - 391235 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991276
GeneID130991276
locus_tag-
NCBI NameLOC130991276
原始查询SmilChr07G000080

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcriptional regulator SUPERMAN-like
产物transcriptional regulator SUPERMAN-like
ArabidopsisAT3G23130 (SUP)
C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821888]
identity=47.3; qcov=0.849; evalue=1.26e-32; confidence=medium
RiceOs07g0101800
-
identity=90; qcov=0.201; evalue=5.19e-20; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF13912 (zf-C2H2_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991276

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771366.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771366.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771366.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771366.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771366.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:390469 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr7:390515 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B90,B92
Chr7:390524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,C58
Chr7:390539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:390566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B140,B82,C2
Chr7:390697 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr7:390803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B49,C7
Chr7:390899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B36,C86,D6
Chr7:391031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771366.1
199 aa
N
1
100
199
zf-C2H2_6
C
PF13912 zf-C2H2_6 51-75 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771366.1 Pfam PF13912 zf-C2H2_6 Domain 51 75 2.1e-07 31.4 C2H2-type zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915383.1
CCCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACCTTGCTCAGCTTATAACACAATGGAGAAGGGCAGTCTAAGAGGGAACGTGAAGCAAATGCATCATTTCAAGTTCAAGGTTCCGTCGTTCGACTTCGTCGGTGACTGCAACGGCGCAAGCTTAGTGGACGGAGACTTGGTGGCCGCAGGGTTCTCATGGCCGCCGAGGAGCTACGTTTGCAGCTTCTGCAAGAGGGAATTCCGATCCGCTCAAGCTCTCGGCGGCCACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991276
ATGGAGAAGGGCAGTCTAAGAGGGAACGTGAAGCAAATGCATCATTTCAAGTTCAAGGTTCCGTCGTTCGACTTCGTCGGTGACTGCAACGGCGCAAGCTTAGTGGACGGAGACTTGGTGGCCGCAGGGTTCTCATGGCCGCCGAGGAGCTACGTTTGCAGCTTCTGCAAGAGGGAATTCCGATCCGCTCAAGCTCTCGGCGGCCACATGAATGTCCACCGGAGAGACCGGGCGAGGCTGCGGCAGTCTCCGCCGAGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771366.1
MEKGSLRGNVKQMHHFKFKVPSFDFVGDCNGASLVDGDLVAAGFSWPPRSYVCSFCKREFRSAQALGGHMNVHRRDRARLRQSPPRDGGGNGGEFCPLINLNLEPNPNPNPNPNSSPSLLPSSSPPLSSLSTKFPHFTSKLPPPAPITTDFMKVRAAKGLRFDSSSARKKPGFVRLDLEIGLINPSKEELDLELRLGYT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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